企业在遵守相关法律法规、明确告知员工并严格保护员工隐私的前提下，收取并留档员工体检报告是合法的。以下是对此问题的详细分析：
合法性依据
《中华人民共和国职业病防治法》第三十六条：
- 该条款明确规定，用人单位应当为劳动者建立职业健康监护档案，并按照规定的期限妥善保存。职业健康监护档案应当包括劳动者的职业史、职业病危害接触史、职业健康检查结果和职业病诊疗等有关个人健康资料。这表明，从法律层面，企业有权并应当留存员工的职业健康检查结果，即体检报告的一部分内容，以履行其对员工职业健康的监护责任。
《中华人民共和国劳动法》第五十四条：
- 该条款规定，用人单位必须为劳动者提供符合国家规定的劳动安全卫生条件和必要的劳动防护用品，对从事有职业危害作业的劳动者应当定期进行健康检查。这间接支持了企业留存员工体检报告的合法性，因为定期健康检查是企业履行劳动安全卫生责任的一部分，而体检报告是健康检查的重要记录。
隐私保护与合规要点
尽管企业有权留档员工体检报告，但这一行为必须严格遵守隐私保护的原则，确保员工个人隐私不被泄露。具体来说：
严格保密义务：
- 企业应采取必要的保密措施，如设置专门的保密存储区域（无论是实体还是电子存储）、限制接触报告的人员范围（通常仅限于人力资源部门特定人员及负责职业健康管理的人员，且需经过授权），以确保员工体检报告不被未经授权的人员获取。
正当使用目的：
- 企业留存体检报告应仅用于与员工健康管理、工作安排相关的正当目的，如了解员工健康状况、合理安排工作岗位、预防职业病等。不得将报告内容泄露给无关人员或用于非法目的，如歧视员工、不合理辞退等。
敏感信息处理：
- 对于涉及敏感项目（如肺、肝、传染病等）的体检结果，企业应特别保密，并采取更为严格的保密措施，如加密存储、限制访问权限等，以确保这些信息不被泄露。
实际操作建议
明确告知与同意：
- 在员工入职时或通过其他适当方式，企业应明确告知员工会留档体检报告，并说明报告的用途、保密措施及可能的法律后果。员工应在充分了解后表示同意，这可以通过签署知情同意书等方式实现。
分类管理与权限控制：
- 企业应对体检报告进行分类管理，根据信息的敏感程度设定不同的访问权限。例如，普通健康检查结果可以由人力资源部门特定人员访问，而涉及敏感项目的检查结果则应限制在更小的范围内访问。
合法使用与监督：
- 企业在使用体检报告时应遵守相关法律法规和公司内部规定，不得将报告内容泄露给无关人员或用于非法目的。同时，企业应建立健全的监督机制，定期对体检报告的管理和使用情况进行检查和评估，以确保合规性。
总结与建议：企业在收取并留档员工体检报告时，必须严格遵守相关法律法规和隐私保护原则。通过明确告知与同意、分类管理与权限控制、合法使用与监督等措施，确保体检报告的合法性和合规性。如果企业在这方面存在疑问或需要进一步的法律指导，可以直接向我咨询。