结论：瑜伽馆办卡3万退卡扣1万违约金是否合法，需结合合同具体条款、违约情形及实际损失综合判断，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：

一、合同条款的合法性审查

1. 违约金条款的约定：

   • 若您与瑜伽馆签订的合同中明确约定了退卡时需扣除一定比例的违约金（如1万），且该条款在签订时已向您充分提示并说明（如加粗、下划线等显著方式），则该条款原则上具有法律效力。
   • 法律依据：根据《民法典》第四百九十六条，格式条款是当事人为了重复使用而预先拟定，并在订立合同时未与对方协商的条款。提供格式条款的一方未履行提示或者说明义务，致使对方没有注意或者理解与其有重大利害关系的条款的，对方可以主张该条款不成为合同的内容。

2. 违约金比例的合理性：

   • 违约金比例需合理，不得过高或过低。若1万违约金占办卡费用3万的近三分之一，可能被认定为过高。
   • 法律依据：根据《民法典》第五百八十五条，约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。

二、违约情形与实际损失

1. 违约情形的认定：

   • 若您因个人原因（如工作调动、健康问题等）要求退卡，且合同中未约定此类情形下的免责条款，则您可能构成违约。
   • 若瑜伽馆存在违约行为（如服务不符合约定、擅自变更服务内容等），则您有权要求解除合同并退还费用，此时不应扣除违约金。

2. 实际损失的计算：

   • 瑜伽馆需证明其因您退卡而遭受的实际损失（如已提供的服务成本、预期利益损失等）。
   • 若实际损失远低于1万，则扣除1万违约金可能不合理。

三、法律建议与操作步骤

1. 审查合同条款：

   • 仔细阅读合同中关于退卡、违约金的条款，确认其是否明确、合理。

2. 与瑜伽馆协商：

   • 尝试与瑜伽馆协商，看是否能减少违约金或达成其他解决方案（如转让卡、延期使用等）。

3. 收集证据：

   • 若协商无果，收集相关证据（如合同、付款凭证、沟通记录等），以备后续维权。

4. 寻求法律帮助：

   • 若认为违约金过高或瑜伽馆存在违约行为，可向我咨询，我将根据具体情况为您提供法律意见和维权方案。

四、可能的法律后果

1. 若违约金条款合法且合理：

   • 您可能需要按照合同约定支付1万违约金。

2. 若违约金条款不合法或不合理：

   • 您有权要求法院或仲裁机构调整违约金比例，甚至可能无需支付违约金。

总结：瑜伽馆办卡3万退卡扣1万违约金是否合法，需结合合同条款、违约情形及实际损失综合判断。建议您先审查合同条款，与瑜伽馆协商，并收集相关证据。如有需要，可随时向我咨询，我将为您提供专业的法律帮助。