住宿经营者违反《中华人民共和国未成年人保护法》时，由市场监督管理、应急管理、公安三个部门按照职责分工责令限期改正，并可给予警告。具体分析如下：

法律依据

根据《中华人民共和国未成年人保护法》第五十七条的规定，旅馆、宾馆、酒店等住宿经营者在接待未成年人入住，或者接待未成年人和成年人共同入住时，有义务询问父母或者其他监护人的联系方式、入住人员的身份关系等有关情况。若发现有违法犯罪嫌疑的，应当立即向公安机关报告，并及时联系未成年人的父母或者其他监护人。这是住宿经营者必须履行的法律责任。

处罚措施

若住宿经营者违反上述规定，根据《中华人民共和国未成年人保护法》第一百二十二条的规定，将由市场监督管理、应急管理、公安等部门按照职责分工进行处罚。具体处罚措施包括：

1. 责令限期改正：相关部门会要求住宿经营者在一定期限内改正其违法行为。
2. 给予警告：对违反规定的住宿经营者，相关部门会给予警告，以示惩戒。
3. 更严厉的处罚：若住宿经营者拒不改正或者造成严重后果的，相关部门将责令其停业整顿或者吊销营业执照、吊销相关许可证，并处一万元以上十万元以下罚款。

部门职责分工

在处罚过程中，市场监督管理、应急管理、公安三个部门会按照各自的职责分工进行：

• 市场监督管理部门：主要负责监管住宿经营者的市场行为，确保其合法经营。
• 应急管理部门：在涉及公共安全、应急管理等方面，对住宿经营者进行监管和处罚。
• 公安部门：主要负责处理涉及违法犯罪的案件，对住宿经营者发现的违法犯罪嫌疑进行调查和处理。

实际案例与启示

在实际操作中，已有住宿经营者因违反《中华人民共和国未成年人保护法》而受到处罚的案例。这些案例警示我们，住宿经营者必须严格遵守相关法律法规，切实履行保护未成年人的法律责任和社会责任。否则，将面临严厉的处罚措施，甚至可能被吊销营业执照或相关许可证，导致无法继续经营。

建议：作为住宿经营者，务必加强内部管理，确保员工熟悉并遵守相关法律法规。同时，应建立完善的未成年人保护机制，如设置专门的未成年人保护岗位、制定未成年人保护手册等。若在经营过程中遇到任何法律问题或疑虑，可直接向我咨询，我将为你提供专业的法律建议和帮助。