结论前置：以村民自治整建制转居来剥夺未转居农民的失地社保，不合法。以下从法律原则、具体法律规定、实际操作中的合法性分析三个角度进行阐述：

1. 法律原则层面：

   • 农民失地社保，是农民因土地被征收而失去基本生活保障时，国家和社会给予的一种补偿和保障机制。其设立初衷在于保障失地农民的基本生活，维护社会稳定。
   • 村民自治整建制转居，是农村地区的一种行政管理或社会治理方式的变革，它并不直接涉及土地征收或农民失地的问题。因此，将两者直接挂钩，并以此为由剥夺未转居农民的失地社保，违背了法律保障农民基本权益的原则。

2. 具体法律规定层面：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，征收土地应当给予公平、合理的补偿，保障被征地农民的生活水平不降低、长远生计有保障。这包括提供失地社保等保障措施。
   • 同时，《中华人民共和国村民委员会组织法》等法律法规也明确了村民自治的范围和界限，强调村民自治应当在法律框架内进行，不得违反法律法规的规定。因此，以村民自治整建制转居为名，剥夺未转居农民的失地社保，显然违反了这些法律规定。

3. 实际操作中的合法性分析：

   • 在实际操作中，如果因为村民自治整建制转居而剥夺未转居农民的失地社保，那么这种行为很可能构成对农民合法权益的侵害。农民有权依法维护自己的权益，包括通过法律途径要求恢复失地社保等保障措施。
   • 此外，这种行为也可能引发社会不稳定因素，因为失地农民的基本生活得不到保障，可能会引发一系列社会问题。

建议：如果遇到类似情况，建议农民及时向当地政府部门反映情况，要求依法保障自己的失地社保权益。同时，也可以考虑通过法律途径来维护自己的合法权益。如果有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。