物流公司主营业务外包挂靠是否合法，需结合具体情况判断，但总体而言，在合法合规框架内运作是受法律认可的。以下从不同角度为您详细分析：

合法性基础

1. 合同自由原则：物流公司作为市场主体，有权根据自身经营策略选择将部分业务进行外包或挂靠。这种选择基于合同自由原则，即双方可以在平等、自愿的基础上签订外包或挂靠合同，明确各自的权利和义务。

2. 法律法规要求：虽然物流公司有权进行业务外包或挂靠，但必须遵循一系列法律法规要求。例如，外包或挂靠合同必须合法有效，明确服务标准、费用结算、责任界定等关键条款，以避免潜在的法律纠纷。同时，外包商或挂靠方应具备相应的资质和能力，确保能够提供符合法定及行业基本要求的服务。

合法运作的关键点

1. 资质审查：物流公司在选择外包商或挂靠方时，必须对其资质进行严格审查。确保对方具备从事相关业务的合法资质和必要能力，以保障服务质量和消费者权益。

2. 合同明确：外包或挂靠合同应详细、明确地规定双方的权利和义务。包括服务范围、质量标准、费用支付方式、违约责任等关键条款，以避免因合同条款不清而引发的法律纠纷。

3. 责任承担：物流公司即便进行业务外包或挂靠，仍需对整体业务负责。不能因外包或挂靠而免除自身在消费者权益保护、安全运输等方面的法定责任。一旦出现问题，物流公司仍需承担相应的法律责任。

违法运作的风险

1. 法律纠纷：如果物流公司未遵循法律法规要求进行业务外包或挂靠，可能导致合同无效或引发法律纠纷。例如，因外包商或挂靠方资质不符而导致服务质量下降，进而损害消费者权益的，物流公司可能需承担连带责任。

2. 行政处罚：对于违法进行业务外包或挂靠的物流公司，相关监管部门可能依法对其进行行政处罚。包括罚款、吊销营业执照等严重后果。

实际操作建议

1. 完善合同：在签订外包或挂靠合同时，务必确保合同内容合法、有效且详细明确。可以寻求专业法律人士的帮助，以确保合同条款的严谨性和合法性。

2. 加强监管：物流公司应加强对外包商或挂靠方的监管力度，确保其按照合同约定提供优质服务。同时，建立定期评估机制，对外包商或挂靠方的服务质量进行评估和考核。

3. 遵守法规：物流公司应严格遵守相关法律法规要求，确保业务外包或挂靠的合法性和合规性。可以定期组织员工进行法律培训，提高员工的法律意识和合规意识。

如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业、全面的法律建议。