在刑事案件中，当辩护人提出两份鉴定意见存在矛盾时，这确实是一个需要细致处理的问题。以下是我从多个角度为你提供的分析和建议：

一、明确鉴定意见的性质与作用

首先，需要明确的是，鉴定意见是刑事诉讼中的一种证据形式，它对于案件事实的认定具有重要影响。然而，鉴定意见并非绝对可靠，其可能受到鉴定方法、鉴定人专业水平、鉴定条件等多种因素的影响。因此，当两份鉴定意见存在矛盾时，这并不意味着其中一份必然错误，而是需要进一步审查和判断。

二、审查鉴定意见的合法性与关联性

1. 合法性审查：

   • 检查鉴定机构是否具备合法的鉴定资质。
   • 确认鉴定人是否具备相应的专业资格和执业证书。
   • 审查鉴定过程是否遵循了法定的程序和标准。

2. 关联性审查：

   • 分析两份鉴定意见是否针对同一案件事实或同一鉴定对象。
   • 判断鉴定意见是否与案件的其他证据相互印证或存在矛盾。

三、分析矛盾产生的原因

1. 鉴定方法差异：不同的鉴定方法可能导致不同的鉴定结果。例如，在DNA鉴定中，不同的检测技术和标准可能产生微小的差异。

2. 鉴定人主观因素：鉴定人的专业水平、经验、判断力等主观因素也可能影响鉴定结果。

3. 鉴定条件变化：鉴定时的环境条件、样本状态等也可能对鉴定结果产生影响。

四、处理矛盾鉴定意见的策略

1. 申请重新鉴定：

   • 如果认为其中一份鉴定意见存在明显问题，可以向法院申请重新鉴定。
   • 重新鉴定应选择具有更高资质和信誉的鉴定机构进行。

2. 要求鉴定人出庭作证：

   • 根据法律规定，鉴定人应当出庭作证，接受控辩双方的质询。
   • 通过出庭作证，可以进一步了解鉴定意见的形成过程和依据，有助于判断其可靠性。

3. 综合其他证据进行判断：

   • 在处理矛盾鉴定意见时，应综合考虑案件的其他证据，如证人证言、物证、书证等。
   • 通过综合分析，可以形成对案件事实的更全面、更准确的认定。

五、法律建议与风险提示

1. 及时与法院沟通：在发现两份鉴定意见存在矛盾时，应及时与法院沟通，说明情况并提出处理建议。

2. 准备充分的辩护材料：在处理矛盾鉴定意见时，应准备充分的辩护材料，包括对鉴定意见的质疑、重新鉴定的申请、鉴定人出庭作证的申请等。

3. 注意法律程序与期限：在处理矛盾鉴定意见时，应注意遵守法律程序和期限要求，避免因程序问题而影响辩护效果。

最后，需要强调的是，处理矛盾鉴定意见是一个复杂而细致的过程，需要辩护人具备扎实的法律知识和丰富的实践经验。如果你在处理此类问题时遇到困难或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业、全面的法律建议。