两个商标使用同一个食品许可证是不合法的。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、商标权与食品许可证的独立性
商标权：商标权是商标所有人对其注册商标享有的独占性、排他性权利。它保护的是商标标识的独特性和识别性，防止他人未经授权使用相同或相似的商标，从而误导消费者。
食品许可证：食品许可证是食品生产经营者必须取得的法定证件，它证明的是食品生产经营者具备从事食品生产经营活动的法定条件和资质。食品许可证的核发是基于对食品生产经营场所、设备、工艺、卫生条件等方面的严格审查。
二、两个商标使用同一食品许可证的违法性
违反商标权原则：每个商标都代表着一个独立的品牌和商品来源。如果两个不同的商标使用同一个食品许可证，就意味着这两个商标所代表的商品可能来源于同一个生产者或经营者，但这并不改变它们作为独立商标的本质。然而，这种做法可能误导消费者认为这两个商标之间存在某种关联或从属关系，从而损害商标权的独占性和排他性。
违反食品监管规定：食品许可证的核发是基于对特定食品生产经营者的审查和批准。如果两个不同的商标使用同一个食品许可证，就相当于将两个不同的食品生产经营活动混为一谈，这违反了食品监管的精细化和差异化原则。食品监管部门无法对每个商标的食品生产经营活动进行独立的监管和追溯，从而增加了食品安全风险。
三、可能的法律后果
行政处罚：如果两个商标使用同一个食品许可证的行为被食品监管部门发现，可能会面临行政处罚，包括罚款、没收违法所得、吊销食品许可证等。
民事纠纷：这种行为还可能引发商标权人之间的民事纠纷。商标权人可能会认为这种行为侵犯了他们的商标权，从而要求停止侵权、赔偿损失等。
刑事责任：在极端情况下，如果这种行为导致了严重的食品安全事故或损害了消费者的健康权益，相关责任人还可能面临刑事责任的追究。
四、建议与措施
独立申请食品许可证：每个商标所代表的食品生产经营者都应该独立申请食品许可证，以确保其食品生产经营活动的合法性和独立性。
加强商标权保护：商标权人应该加强对其商标权的保护，防止他人未经授权使用其商标或进行混淆性宣传。
遵守食品监管规定：食品生产经营者应该严格遵守食品监管规定，确保其食品生产经营活动的合规性和安全性。
因此，从商标权保护和食品监管的角度来看，两个商标使用同一个食品许可证是不合法的。如果您在商标权或食品许可证方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。