不起诉的案卷通常仍由检察院留存。以下是详细分析：

一、不起诉案卷的留存规定

根据相关法律规定及司法实践，检察院在作出不起诉决定后，会将案件材料归档保存。这些材料包括侦查中的证据、文书等，是司法活动的重要记录。留存这些案卷，一方面便于对案件进行复查、监督，确保不起诉决定的准确性和合法性；另一方面，这些案卷也可作为司法统计和案例研究的资料。

二、不起诉案卷留存的具体流程

1. 解除查封、扣押、冻结：检察院在作出不起诉决定的同时，会对侦查中查封、扣押、冻结的财物进行解除，以确保当事人的合法权益不受侵犯。
2. 宣布不起诉决定：根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，不起诉的决定应当公开宣布，并将不起诉决定书送达被不起诉人和其所在单位。这一步骤确保了决定的透明性和公正性。
3. 送达不起诉决定书：除了送达被不起诉人和其所在单位外，如果案件有被害人，检察院还应当将不起诉决定书送达被害人。被害人如果对此决定不服，有权向上一级人民检察院提出申诉，寻求救济。
4. 通知公安机关：如果案件最初是由公安机关移送起诉的，检察院在作出不起诉决定后，还应当将决定书送达公安机关，以便公安机关了解案件的处理结果。
5. 归档保存：完成上述流程后，检察院会将案件材料归档保存，包括不起诉决定书、侦查证据、文书等。

三、不起诉记录的处理

犯罪嫌疑人的不起诉记录会存档，但如果是未成年人犯罪且符合条件，可以进行犯罪记录封存。这是为了保护未成年人的隐私和未来，避免其因一次错误而长期受到社会歧视。

四、建议与注意事项

1. 了解案卷留存的意义：被不起诉人应了解案卷留存的意义和目的，以便更好地维护自己的合法权益。
2. 遵守法律规定：即使检察院决定不起诉，被不起诉人也应严格遵守法律法规，避免再次涉及类似法律问题。
3. 咨询专业律师：如有任何疑问或需要帮助，建议及时咨询专业的法律人士，如我本人，以获取更详细的指导和建议。

不起诉的案卷通常仍由检察院留存，这是为了确保司法活动的准确性和合法性，同时也可作为司法统计和案例研究的资料。被不起诉人应了解这一规定，并遵守相关法律法规。如有任何疑问，欢迎直接向我咨询。