若用人单位拖欠工资后补发，但补发金额低于应发工资，您可以通过以下途径处理：

1. 与用人单位协商
   首先可尝试与用人单位沟通，明确指出工资计算错误或克扣的事实，要求其按实际应发金额补足差额。协商时建议保留书面沟通记录（如邮件、微信等），以便后续维权。

2. 向劳动监察部门投诉
   若协商无果，可向用人单位所在地的劳动监察大队投诉。根据《劳动保障监察条例》，劳动监察部门有权责令用人单位限期支付劳动报酬，逾期不支付的，可加付赔偿金（标准为应付金额的50%-100%）。投诉时需提交劳动关系证明（如劳动合同、工资条、考勤记录等）及工资差额的证据。

3. 申请劳动仲裁
   若投诉未解决，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。仲裁请求可包括：

   • 要求用人单位支付拖欠的工资差额；
     
   • 若因拖欠工资被迫离职，可主张经济补偿金（按工作年限，每满1年支付1个月工资）；
     
   • 要求用人单位加付拖欠工资的赔偿金（需以劳动监察部门责令限期支付后仍未支付为前提）。
     仲裁时效为1年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算。

4. 通过诉讼维权
   若对仲裁结果不服，可在收到仲裁裁决书之日起15日内向法院提起诉讼。法院判决后，若用人单位仍不履行，可申请强制执行。

关键提醒：

• 保留证据是维权的核心，包括劳动合同、工资条、银行流水、考勤记录、与用人单位沟通的记录等；
  
• 若用人单位以“绩效不达标”“公司亏损”等理由克扣工资，需核实其是否符合劳动合同约定或规章制度（且规章制度需经民主程序制定并公示）；
  
• 避免因情绪激动采取过激行为（如罢工、损坏财物等），否则可能承担法律责任。

法律依据：

• 《劳动法》第50条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或无故拖欠；
  
• 《劳动合同法》第38条、46条：用人单位未及时足额支付劳动报酬的，劳动者可解除合同并主张经济补偿；
  
• 《劳动争议调解仲裁法》第27条：劳动争议申请仲裁的时效为1年。

如有进一步疑问或需要协助整理证据材料，可直接向我咨询。