水产部门称养殖使用证有争议而做废，这一做法是否合理，需分情况讨论：
若争议真实存在且影响证件合法性：
- 根据相关法律法规，若养殖使用证确实存在争议，如颁发程序违法、证件内容错误或存在其他影响证件效力的情形，水产部门作为管理部门，有权依据法定程序对证件进行审查，并在确认问题后作出废止决定。这种情况下，水产部门的做法是合理的，旨在维护法律秩序和公共利益。
若争议不成立或未经法定程序审查：
- 如果所谓的“争议”并不成立，或者水产部门在未进行充分调查、未遵循法定程序的情况下就擅自做废证件，那么这一做法则是不合理的。它可能侵犯了养殖者的合法权益，导致养殖者遭受不必要的损失。在这种情况下，养殖者有权通过法律途径维护自己的权益，如申请行政复议或提起行政诉讼。
法律背景与建议：
- 法律背景：养殖使用证是养殖者合法从事养殖活动的凭证，其颁发、变更、注销等均应遵循法定程序。任何部门或个人不得随意侵犯养殖者的合法权益。
- 建议：
- 若您认为水产部门的做法不合理，首先应收集相关证据，如证件颁发记录、争议情况说明等，以证明您的观点。
- 接着，您可以尝试与水产部门进行沟通，表达您的诉求和理由，寻求和解或重新审查的机会。
- 若沟通无果，您可以考虑通过法律途径解决争议，如申请行政复议或向人民法院提起行政诉讼。
可能的法律后果：
- 如果水产部门的做法被确认违法，它可能需要承担相应的法律责任，如赔偿养殖者的损失、恢复证件效力等。
- 同时，养殖者也可能因维权成功而获得相应的法律救济，如恢复养殖活动、获得经济赔偿等。
总结与进一步思考：
- 水产部门称养殖使用证有争议而做废的做法是否合理，取决于争议的真实性和法定程序的遵循情况。
- 作为养殖者，您应了解自己的合法权益，并在必要时采取法律措施维护自己的权益。
- 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我将根据您的具体情况，提供更为详细和专业的法律建议。