针对您提出的“医疗机构处理畜牧业的医疗废物怎么处罚”的问题，以下是根据相关法规和政策给出的详细解答：
首先，需要明确的是，医疗机构（包括处理畜牧业医疗废物的相关机构）在处理医疗废物时，必须严格遵守《医疗废物管理条例》等相关法规。若医疗机构存在违规处理医疗废物的情况，将面临相应的行政处罚。
具体来说，如果医疗机构将医疗废物交给未取得经营许可证的单位或者个人进行收集、运送、贮存、处置，或者存在其他违规行为（如在运送过程中丢弃医疗废物、在非贮存地点倾倒堆放医疗废物、将医疗废物混入其他废物和生活垃圾、未执行危险废物转移联单管理制度、对医疗废物的处置不符合国家规定的环境保护卫生标准规范、未按照规定对污水和传染病病人排泄物进行严格消毒或未达到国家规定的排放标准排入污水处理系统、对收治的传染病病人或疑似传染病病人产生的生活垃圾未按照医疗废物进行管理和处置等），将由县级以上地方人民政府卫生行政主管部门或者环境保护行政主管部门按照各自的职责进行处罚。
处罚措施通常包括：
责令限期改正：要求医疗机构在规定时间内纠正违规行为。
给予警告：对医疗机构进行书面警告，以示惩戒。
罚款：根据违规情节的轻重，处以5000元以上1万元以下的罚款；若逾期不改正，则处以1万元以上3万元以下的罚款。
暂扣或吊销执业许可证件或经营许可证件：若违规行为造成传染病传播或环境污染事故，原发证部门将暂扣或吊销医疗机构的执业许可证件或经营许可证件。
追究刑事责任：若违规行为构成犯罪，将依法追究相关责任人的刑事责任。
在实际操作中，环保部门或卫生行政主管部门会按照立案、调查、审查、告知、决定、送达、执行、信息公开等程序进行处罚。因此，医疗机构应严格遵守相关法规，确保医疗废物的安全处理，避免违规行为带来的法律风险和经济损失。
希望以上解答能够对您有所帮助。如有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告知。