控股股东加盖公章的合同，在一般情况下是生效的，但并非绝对，需要综合多方面因素进行判断。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：

1. 公章的法律效力

公章是公司意志和授权的象征，加盖公章通常意味着公司对合同内容的认可和接受。在法律上，公章具有极高的证明力，能够证明合同是公司的真实意思表示。因此，控股股东作为公司的实际控制人，其加盖公章的行为，在正常情况下，会被视为公司对合同的确认，合同因此具有法律效力。

2. 合同生效的例外情况

尽管公章具有法律效力，但合同的生效并非绝对。以下是一些可能导致合同无效或效力待定的情形：

• 违反法律法规：如果合同内容违反了法律法规的强制性规定，如涉及非法交易、欺诈等，那么即使加盖了公章，合同也可能被认定为无效。
• 违背公序良俗：合同内容如果违背了公序良俗，如涉及不道德、不公平的交易，也可能影响合同的效力。
• 签订程序瑕疵：如果合同的签订程序存在瑕疵，如未经公司内部决策程序（如董事会决议、股东会决议）批准，或者加盖公章的过程存在违规（如伪造公章、未经授权加盖公章），都可能影响合同的效力。
• 特殊约定限制：合同中可能存在特殊约定，如需要经过特定审批程序或双方另行达成一致等，这些约定也可能限制合同的生效。

3. 控股股东的特殊地位

控股股东作为公司的实际控制人，其加盖公章的行为通常具有更高的可信度。然而，这并不意味着控股股东可以随意加盖公章使合同生效。控股股东在加盖公章前，应确保合同内容合法合规，且已经过公司内部必要的决策程序。否则，即使加盖了公章，合同也可能因存在瑕疵而被认定为无效或效力待定。

4. 法律建议

• 审查合同内容：在签订合同前，应仔细审查合同内容，确保其合法合规，不违反法律法规和公序良俗。
• 遵循签订程序：按照公司内部决策程序进行合同签订，确保加盖公章的过程合法合规。
• 保留证据：在签订合同过程中，应保留好相关证据，如会议记录、决议文件等，以备不时之需。
• 及时咨询：如果对合同的效力存在疑问，应及时咨询专业律师，以便得到准确的法律意见。

举例来说，如果控股股东未经公司内部决策程序，擅自加盖公章签订了一份涉及非法交易的合同，那么这份合同很可能因违反法律法规而被认定为无效。相反，如果控股股东在加盖公章前已经过公司内部必要的决策程序，且合同内容合法合规，那么这份合同通常会被认定为有效。

综上所述，控股股东加盖公章的合同在一般情况下是生效的，但并非绝对。在签订合同过程中，应仔细审查合同内容、遵循签订程序、保留好相关证据，并及时咨询专业律师以确保合同的效力。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。