结论前置：建设用地和建设工程用地面积不一致时，需根据具体原因和法律规定处理，常见处理方式如下：

1. 核查规划文件与审批手续

• 原因：面积差异可能因规划调整、审批误差或测量标准不同导致。
• 处理方式：
  • 核对《建设用地规划许可证》《建设工程规划许可证》及附图，确认规划部门核定的用地面积与工程用地面积是否一致。
  • 若因规划调整导致差异，需向规划部门申请变更许可，确保两证面积统一。
  • 若为测量误差，可委托第三方测绘机构重新核验，并提交规划部门备案。

2. 区分用地性质与工程范围

• 原因：建设用地范围可能包含代征道路、绿化等公共用地，而工程用地仅指实际建设部分。
• 处理方式：
  • 查阅土地出让合同或划拨决定书，明确建设用地总面积中哪些部分属于代征地（不纳入工程用地）。
  • 若工程用地超出规划范围，需补办超建部分的手续或拆除违规建筑；若不足，需调整工程方案或申请追加用地。

3. 处理违法用地或违规建设

• 原因：未批先建、超面积建设等行为可能导致实际工程用地面积与规划不符。
• 处理方式：
  • 立即停止施工，向规划、国土部门报告情况。
  • 根据违法情节，可能面临罚款、补办手续、限期拆除等处罚。例如，超面积部分需按市场价补缴土地出让金，并重新核发规划许可。

4. 合同与权属纠纷处理

• 原因：土地出让合同、转让协议中约定的面积与实际不符，或权属边界存在争议。
• 处理方式：
  • 核对合同条款，若为卖方违约，可要求按实际面积调整价款或解除合同。
  • 若权属争议，需向不动产登记中心申请调取地籍图，或通过诉讼、仲裁确认边界。

5. 特殊情形处理

• 分期开发项目：首期工程用地可能小于总建设用地面积，需确保后续开发符合规划。
• 历史遗留问题：对早期项目，可依据地方政策申请确权登记或补办手续。

行动建议：

1. 立即整理土地出让合同、规划许可、测绘报告等文件，明确差异原因。
2. 联系当地规划、国土部门，咨询具体整改要求。
3. 根据部门反馈，选择补办手续、调整方案或拆除违规部分。

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合具体案例提供详细方案。