合法诊所的医生通过电话配药是否违法，不能一概而论，需要分情况讨论：
若医生仅通过电话了解病情并给出用药建议，但未实际开具处方或配发药物
- 在这种情况下，医生的行为更多是一种咨询或建议，并不直接涉及药物的配发。从法律层面讲，这并不构成直接的违法行为，但需要注意，医生在提供此类建议时，仍应确保其建议的合理性和安全性，避免因误导患者而导致不良后果。如果因医生的建议导致患者健康受损，医生可能需要承担相应的法律责任，这主要基于《民法典》中关于侵权责任的规定。
若医生通过电话开具了处方，并指示患者或他人根据处方配药
- 这种行为可能涉及违法。根据《药品管理法》和相关规定，医师开具处方应当亲自诊查患者，建立相应的病历，并签署诊断、治疗、预防、保健等文件。电话开具处方可能违反了这一规定，因为它缺乏对患者病情的直接观察和诊断。此外，如果因此导致患者用药不当或健康受损，医生可能需要承担医疗事故责任或侵权责任。
若医生通过电话与患者沟通，但实际配药行为由患者自行完成（如患者根据之前医生开具的处方自行购药）
- 在这种情况下，医生的行为并不直接构成违法。患者自行购药的行为属于个人行为，医生只是提供了之前的诊断和建议。然而，医生仍有责任确保其之前的诊断和建议是准确和合理的，以避免因误导患者而导致的不良后果。
额外建议与法律背景：
- 医生在提供医疗服务时，应严格遵守相关法律法规和医疗规范，确保医疗行为的安全性和有效性。
- 患者有权获得合法、安全、有效的医疗服务。如果患者在接受医疗服务过程中遇到问题或疑虑，应及时向相关部门或专业律师咨询。
- 在医疗纠纷中，证据的收集和保存至关重要。患者应保留好相关医疗记录、处方、缴费凭证等证据，以便在需要时维护自己的合法权益。
可能面临的法律后果：
- 如果医生的行为被认定为违法或违规，可能会面临行政处罚（如罚款、吊销执业证书等）或民事责任（如赔偿患者损失等）。
- 在严重情况下，如果医生的行为构成犯罪（如非法行医罪、医疗事故罪等），还可能会面临刑事责任。
如果您或您身边的人遇到了类似的问题，或者有任何关于医疗纠纷的疑问，都可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议。