伪造公司印章申报农村自建房属于违法行为，将面临行政处罚甚至刑事处罚，同时相关申报行为无效，需承担民事赔偿责任。以下是具体分析：

一、行政责任层面

1. 伪造公司印章的行政处罚
   根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第五十二条，伪造、变造或者买卖国家机关、人民团体、企业、事业单位或者其他组织的公文、证件、证明文件、印章的，处十日以上十五日以下拘留，可以并处一千元以下罚款；情节较轻的，处五日以上十日以下拘留，可以并处五百元以下罚款。
   若伪造公司印章用于申报农村自建房，即使未造成严重后果，也可能被行政拘留并罚款。

2. 申报行为无效
   农村自建房需依法办理规划许可、用地审批等手续。若通过伪造印章伪造文件（如公司同意建房的证明、土地权属证明等），相关申报材料因来源不合法而无效，行政机关可撤销已作出的审批决定，并要求恢复原状（如拆除违规建筑）。

二、刑事责任层面

1. 伪造公司印章罪
   根据《中华人民共和国刑法》第二百八十条第二款，伪造公司、企业、事业单位、人民团体印章的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利，并处罚金。
   若伪造印章行为情节严重（如多次伪造、用于重大项目申报、造成严重后果等），可能构成犯罪，需承担刑事责任。

2. 其他关联犯罪
   若伪造印章后进一步实施诈骗（如骗取政府补贴、拆迁补偿等），可能同时构成诈骗罪，需数罪并罚。

三、民事责任层面

1. 对公司的赔偿责任
   伪造公司印章可能损害公司名誉或利益（如公司被误认为同意建房），公司有权要求行为人赔偿损失（如修复名誉费用、经济损失等）。

2. 对第三方的赔偿责任
   若伪造印章行为导致第三方受损（如相邻权人因违规建房遭受采光、通风影响），行为人需承担侵权赔偿责任。

四、实务建议

1. 立即停止违法行为：若已伪造印章或提交虚假材料，应主动向相关部门说明情况，避免后果扩大。
   
2. 配合调查：行政机关或公安机关调查时，需如实陈述事实，争取从轻处理。
   
3. 补办合法手续：若需申报农村自建房，应依法取得土地使用权、规划许可等文件，避免通过非法途径操作。
   

如有进一步疑问（如具体案件处理、证据固定等），可直接向我咨询，我将结合案件细节提供专业分析。