您好，关于与机关单位签订合同后如何开具发票的问题，这主要取决于您公司的纳税人身份以及具体的业务场景。以下是一些一般性的指导和建议：

一、确定纳税人身份

首先，您需要明确自己公司的纳税人身份，是小规模纳税人还是一般纳税人。这会影响到您开具发票的类型和方式。

二、小规模纳税人开具发票

1. 自行开具：

   • 如果您是小规模纳税人，且已经办理了税务登记，对于某些增值税应税行为，您可以选择自愿使用增值税发票管理系统自行开具增值税专用发票（但需注意，部分小规模纳税人可能无法自行开具专票，需根据当地税务政策确定）。
   • 自行开具时，请确保发票内容真实、准确，并符合税务规定。

2. 申请代开：

   • 如果您无法自行开具增值税专用发票，或者需要开具的发票类型超出您的开具范围，您可以向主管税务机关申请代开。
   • 申请代开时，需要准备相关材料，如合同、付款证明等，并按照税务机关的要求填写申请表。

三、一般纳税人开具发票

如果您是一般纳税人，通常可以直接使用增值税发票管理系统自行开具增值税专用发票和普通发票。在开具时，请确保：

• 发票内容真实、准确，与合同内容一致。
• 发票的开具时间、金额、税率等信息符合税务规定。
• 按照规定加盖发票专用章。

四、特殊业务场景

1. 跨县（市、区）提供建筑服务：

   • 如果您跨县（市、区）提供建筑服务，且不能自行开具增值税发票，可向建筑服务发生地主管税务机关申请代开。

2. 销售或出租不动产：

   • 对于销售或出租不动产的业务，如果无法自行开具发票，可向不动产所在地主管税务机关申请代开。
   • 代开时，需要在发票上注明不动产的详细地址、名称等信息。

五、注意事项

1. 真实性：

   • 确保发票内容真实、准确，与合同内容一致，避免虚假开具。

2. 合法性：

   • 遵守税务法规，按照规定的流程和要求开具发票。

3. 及时性：

   • 在业务发生后及时开具发票，避免拖延或遗漏。

4. 保管：

   • 妥善保管发票和相关凭证，以备税务机关查验。

六、咨询税务机关

由于税务政策可能因地区和时间而异，建议您在开具发票前咨询当地税务机关或专业税务顾问，以确保您的操作符合税务规定。

希望以上解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的指导，请随时告诉我。