针对您提出的“农村夫妻早就有合法两处房子且有不同的户口，为什么办理不了两本不动产证”的问题，这主要涉及到农村宅基地确权登记的相关政策规定。以下是我为您详细梳理的解答：
一、政策背景与依据
根据国家印发的《关于进一步加快推进宅基地和集体建设用地使用权确权登记发证工作的通知》，以及各地具体实施的政策，农村宅基地使用权原则上应按照“一户一宅”的要求进行确权登记。这意味着，在一般情况下，一个农村户口家庭只能拥有一处宅基地的使用权，并据此办理一本不动产证。
二、一户多宅的特殊情况处理
虽然“一户一宅”是基本原则，但在实际执行过程中，也考虑到了历史遗留问题和一些特殊情况。例如，对于因历史原因形成的合法“一户多宅”，如果符合相关规划条件，且经过农民集体同意并公告无异议，是可以按规定补办有关用地手续后，依法予以确权登记的。然而，这并不意味着所有一户多宅的情况都能顺利办理两本不动产证。
三、办理两本不动产证的难点
分户与宅基地的关联：在农村，宅基地的使用权通常与户口紧密相关。即使夫妻双方有不同的户口，但如果这两个户口在宅基地使用上被视为同一户（即未真正分户），那么就可能无法分别办理不动产证。
公安机关分户要件：根据一些地区的实践，村民在到公安机关办理分户过程中，公安机关可能要求提供双方两个不动产权证作为分户的要件之一。这形成了一个循环：需要分户才能办理两个不动产权证，但又需要两个不动产权证才能分户。
政策执行与地方差异：不同地区在执行农村宅基地确权登记政策时，可能会根据当地实际情况制定一些具体的实施细则。这些细则可能导致在某些地区，即使符合一户多宅的合法条件，也可能因为地方政策限制而无法办理两本不动产证。
四、建议与解决方案
了解当地政策：首先，建议您详细了解当地关于农村宅基地确权登记的具体政策规定，包括是否允许一户多宅办理多本不动产证、分户的具体条件等。
准备相关材料：如果符合当地政策允许办理两本不动产证的条件，那么您需要准备相关的申请材料，如身份证件、符合分户建房的规划相关手续、情况说明等。
咨询与沟通：在准备材料的过程中，建议您与当地的不动产登记机构、公安机关以及村委会进行充分的咨询与沟通，确保您的申请符合所有要求。
关注政策动态：由于农村宅基地确权登记政策可能会随着时间和实际情况的变化而调整，因此建议您持续关注相关政策动态，以便及时调整您的申请策略。
综上所述，虽然您和您的配偶有不同的户口且拥有合法两处房子，但办理两本不动产证可能受到“一户一宅”原则、分户与宅基地的关联、公安机关分户要件以及地方政策差异等因素的影响。建议您详细了解当地政策并准备相关材料后，再与相关部门进行沟通与申请。