工程招标代理费一般由招标人支付，但如果招标人、招标代理机构与投标人另有约定的，则从其约定。以下是对这一问题的详细分析：

一、法律规定

根据《招标代理服务收费管理暂行办法》第十条的规定，招标代理服务费用应由招标人支付。然而，该条款也明确指出，如果招标人、招标代理机构与投标人之间存在其他约定，那么应按照这些约定来执行。这意味着，在特定情况下，工程招标代理费也可以由投标人或其他相关方来承担。

二、实际操作

1. 建设系统监管项目：在实际操作中，对于建设系统监管的项目，招标代理服务费通常不允许由中标人支付。这是为了确保招标过程的公正性和透明度，防止因费用问题而产生的利益冲突。

2. 非建设系统监管项目：对于非建设系统监管的项目，如果招标人、招标代理机构与投标人之间达成了由中标人支付招标代理服务费的协议，那么这种安排是可行的。但需要注意的是，这种协议必须是在合法、自愿、公平的基础上达成的，且不得违反相关法律法规的规定。

三、费用标准与计算

工程招标代理费的收费标准通常依据工程金额的大小，采用差额定率累进法进行计算。具体来说，就是根据中标金额的不同区间，按照相应的比例收取费用。例如，中标金额在100万元以下的，可能按照1.0%的比例收取；中标金额在100-500万元之间的，可能按照0.7%的比例收取，以此类推。这种收费方式旨在确保招标代理机构能够根据其提供的服务获得合理的报酬。

四、法律建议

1. 明确约定：在招标过程中，招标人、招标代理机构与投标人之间应就招标代理服务费的支付问题达成明确约定。这有助于避免后续因费用问题而产生的纠纷。

2. 遵守法律法规：无论采用何种支付方式，都必须确保符合相关法律法规的规定。特别是对于建设系统监管的项目，更应严格遵守相关规定，防止因违规操作而引发的法律风险。

3. 合理定价：招标代理机构在制定收费标准时，应充分考虑市场情况、服务内容以及自身成本等因素，确保收费合理、透明。

如果您在工程招标代理费支付方面遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。