赔偿协议书受害者有两个子女，仅儿子签字是否有效，需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：
若儿子获得合法授权：
- 如果儿子作为受害者的法定代理人，或者得到了受害者的明确授权（如书面授权书、口头授权且能证明等），那么他签署的赔偿协议书是有效的。这种情况下，儿子有权代表受害者处理赔偿相关事宜，包括签署协议。
若儿子未获得合法授权：
- 如果儿子未经受害者授权，擅自签署赔偿协议书，那么这份协议可能存在效力瑕疵。因为涉及人身损害赔偿等重要的民事行为，通常需要受害者本人或者其法定代理人（如配偶、父母等近亲属）亲自签字确认才更为稳妥。未经授权的签字，可能无法代表受害者的真实意愿，从而引发争议。
法律建议：
- 在签署赔偿协议书前，务必确认签字人是否具有合法授权。如果受害者无法亲自签署，应确保其法定代理人或获得明确授权的人进行签署。
- 如果对协议的效力存在争议，可以通过诉讼等法律途径进行确认。在诉讼过程中，法院会综合考虑各种因素，包括授权情况、签字人的身份、协议内容等，来作出公正的裁决。
可能后果：
- 如果儿子未经授权签署了赔偿协议书，且受害者对此表示异议，那么这份协议可能被认定为无效或存在效力瑕疵。这可能导致赔偿事宜无法顺利解决，甚至引发进一步的法律纠纷。
因此，在处理赔偿协议书签署问题时，一定要谨慎对待，确保签字人具有合法授权，以避免不必要的法律风险和纠纷。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。