诉讼案件中工程款认定的依据主要包括以下几个方面：
双方签订的结算协议：
- 在建设工程施工合同纠纷案件中，若双方当事人在诉讼过程中自行委托第三方出具结算审计报告，并经双方共同确认，该结算审计报告应视为双方对工程价款达成的结算协议。此类结算协议是双方意思自治的体现，系双方的真实意思表示，不违反法律规定，应当作为结算工程价款的依据。例如，在江苏南通二建集团有限公司与连云港市远通房地产开发有限公司的建设工程施工合同纠纷案中，双方当事人在诉讼期间自行共同委托第三方审核工程造价，并签字、盖章确认了工程结算审定单，该审定单被法院视为结算协议，作为了定案证据。
合同约定的计价方式：
- 双方签订的建设工程施工合同中通常会明确约定工程款的计价方式，如固定总价、固定单价或可调价格等。在诉讼中，法院会根据合同约定的计价方式来认定工程款。若合同中没有明确约定或约定不明确，法院可能会参照行业惯例或相关法律法规进行认定。
实际完成的工程量：
- 在某些情况下，工程款的认定可能依赖于实际完成的工程量。这通常需要通过专业的造价鉴定机构进行鉴定，以确定实际完成的工程量及相应的工程价款。若双方当事人在诉讼前已经对工程量进行了确认，且该确认不违反法律规定，法院可能会直接采用该确认结果作为认定工程款的依据。
相关法律法规及政策：
- 在认定工程款时，法院还会考虑相关法律法规及政策的规定。例如，若工程存在质量问题或未达到合同约定的标准，法院可能会根据相关规定减少或不予支付相应的工程款。此外，若工程涉及政府投资或公共利益，法院还可能会考虑相关政策的要求。
法律建议：
- 在签订建设工程施工合同时，应明确约定工程款的计价方式、支付时间、支付条件等关键条款，以避免后续产生纠纷。
- 在施工过程中，应妥善保管相关证据，如施工图纸、变更通知、验收报告等，以便在诉讼中证明实际完成的工程量及相应的工程价款。
- 若双方当事人在诉讼过程中自行委托第三方出具结算审计报告，应确保该第三方具有相应的资质，并经双方共同确认，以提高结算协议的法律效力。
可能的法律后果：
- 若双方当事人在诉讼中未能就工程款达成结算协议，且合同中没有明确约定计价方式或约定不明确，法院可能会根据实际完成的工程量及相关法律法规进行认定，这可能导致工程款认定结果与双方预期存在差异。
- 若一方当事人在诉讼中反悔，试图以第三方资质不足、违反司法鉴定程序等为由主张结算审计报告不能作为结算依据，但未能提供证据证实结算协议存在无效或可撤销的情形，法院将不予支持其主张。
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