核心结论：针对执行过程中调解书约定利息起算时间长、计算金额高的问题，可从以下角度处理：

1. 核查调解书合法性
   首先需确认调解书是否符合法定程序和实体要求。根据《民事诉讼法》第97条，调解书经双方签字确认后具有法律效力，但若存在重大误解、显失公平或违反法律强制性规定（如利率超过LPR四倍），可依据《民法典》第147-151条主张撤销或变更。
   操作建议：收集调解时证据（如录音、书面沟通记录），证明利息约定非真实意思表示，或存在胁迫、欺诈情形。

2. 申请执行异议或复议
   若调解书已生效且进入执行阶段，可依据《民事诉讼法》第232条向执行法院提出书面异议，主张利息计算方式错误或超出法定范围。法院应在15日内审查，若理由成立，将裁定中止或变更执行。
   关键点：需在执行程序终结前提出，且异议理由需具体（如利率计算基数错误、起算日与调解书文字表述矛盾）。

3. 协商补充协议
   若调解书条款存在歧义（如“起算时间”表述模糊），可与对方协商签订补充协议，明确利息计算的具体节点和标准。根据《民法典》第510条，合同生效后当事人可就未尽事宜协商补充。
   风险提示：补充协议需经双方签字盖章，避免单方修改导致协议无效。

4. 通过再审程序纠正
   若调解书存在程序违法（如未依法送达、未保障当事人辩论权）或实体错误（如利息计算违反金融法规），可依据《民事诉讼法》第207条向上一级法院申请再审。
   注意：再审申请需在调解书生效后6个月内提出，且需提供新证据或证明原调解存在法定错误。

实务建议：

• 优先通过执行异议快速止损，避免利息持续累积；
  
• 若调解书存在根本性违法，可同步准备再审材料；
  
• 协商时建议留存书面记录，防止对方反悔。
  

如有具体调解书条款或执行文书，可进一步提供细节，我将协助分析条款效力及应对策略。