药品管理法中非法渠道购进药品的违法所得，一般是指实施违法行为的全部经营收入，但在特定情况下也可能指售出价格与购入价格的差价。具体分析如下：
一、一般情况下的违法所得计算
根据国家食品药品监督管理局曾于2007年作出的《关于“违法所得”问题的批复》，在一般情况下，《药品管理法》中的“违法所得”是指“实施违法行为的全部经营收入”。这意味着，在非法渠道购进药品的案件中，违法所得通常被理解为通过非法渠道购进并销售药品所获得的全部收入，计算时不扣除合法成本或税收。这种计算方式带有惩罚性，旨在通过经济手段遏制非法购进行为。
二、特定情况下的违法所得计算
在特定情况下，如药品经营企业、医疗机构未违反《药品管理法》和本条例的有关规定，并有充分证据证明其不知道所销售或者使用的药品是假药、劣药的，此时违法所得的计算方式可能有所不同。根据相关批复，这种情况下违法所得可能以售出价格与购入价格的差价进行计算。这种计算方式考虑到了药品经营企业、医疗机构无主观违法恶意的情况，避免了过度惩罚。
三、违法所得计算中的退赔问题
不论以何种方式计算违法所得，都应当排除应退赔的部分。根据《行政处罚法》的相关规定，当事人有违法所得，除依法应当退赔的外，应当予以没收。这里的“退赔”可以理解为退还或赔偿，例如违法销售药品取得的款项，如按照规定退赔给消费者后，就不应再作为违法所得被没收。
四、法律后果与建议
对于非法渠道购进药品的行为，根据《药品管理法》的相关规定，相关部门将责令改正，没收违法购进的药品和违法所得，并处违法购进药品货值金额两倍以上十倍以下的罚款；情节严重的，并处货值金额十倍以上三十倍以下的罚款，吊销药品批准证明文件、药品生产许可证、药品经营许可证或者医疗机构执业许可证。
建议：
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。