药品行政处罚案件中违法所得的计算依据，主要依据国家食品药品监督管理局的批复及相关法律法规，具体分为全额计算和差价计算两种方式。以下是对此问题的详细分析：
一、全额计算方式
定义与依据：
- 全额计算方式，即将违法所得等同为涉案产品的销售收入，计算时不扣除合法成本或税收。
- 依据国家食品药品监督管理局《关于“违法所得”问题的批复》(国食药监法[2007]74号)，一般情况下，《药品管理法》、《药品管理法实施条例》中的“违法所得”，是指“实施违法行为的全部经营收入”。
适用场景：
- 适用于大多数药品违法案件，特别是当违法者存在明显的主观恶意或违法行为性质严重时。
- 例如，伪造、变造、买卖、出租、出借许可证或者药品批准证明文件的，以及药品检验机构出具虚假检验报告等情形，均可能采用全额计算方式。
法律后果：
- 采用全额计算方式，带有惩罚性，当事人应当承担超过其获利的处罚责任。其投入成本越高，惩罚性越明显。
二、差价计算方式
定义与依据：
- 差价计算方式，即违法所得以售出价格与购入价格的差价进行计算。
- 依据《药品管理法实施条例》第七十五条（对应2019年修订后的条款）的规定，当药品经营企业、医疗机构未违反《药品管理法》和本条例的有关规定，并有充分证据证明其不知道所销售或者使用的药品是假药、劣药的，适用此种计算方式。
适用场景：
- 适用于药品经营企业、医疗机构无主观违法恶意，且能证明其不知道所销售或使用的药品是假药、劣药的情形。
- 例如，当事人购进药品来源渠道正规合法、履行了进货查验与销售记录的义务，但不知道所销售的药品是劣药的，可能采用差价计算方式。
法律后果：
- 采用差价计算方式，体现了对无主观违法恶意者的相对宽容，避免了过度惩罚。
三、其他注意事项
排除应退赔部分：
- 不论以何种方式计算违法所得，都应当排除应退赔的部分。根据《行政处罚法》第二十八条的规定，当事人有违法所得，除依法应当退赔的外，应当予以没收。
- 例如，违法销售药品取得的款项，如按照规定退赔给消费者后，就不应再作为违法所得被没收。
遵循下位法规定：
- 考虑《药品管理法》、《药品管理法实施条例》是《行政处罚法》的下位法，药品违法所得的计算也应当遵循《行政处罚法》的相关规定。
建议：在实际操作中，药品行政处罚案件的违法所得计算需根据具体案情和法律法规进行。如有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律意见。