立案后当事人申请司法确认的结案方式，主要取决于司法确认的结果，具体如下：

1. 司法确认成功，达成调解协议并生效：

   • 若法院对当事人提交的司法确认申请进行审查后，认为调解协议符合法律规定，会出具民事裁定书，确认调解协议的效力。
   • 一旦裁定书生效，即意味着该调解协议具有强制执行力，当事人应当按照调解协议的内容履行各自的义务。
   • 在此情况下，案件以调解协议确认生效的方式结案，法院会制作相应的结案文书，并归档保存。

2. 司法确认失败，调解协议未获确认或被撤销：

   • 若法院审查后认为调解协议存在违法、违背公序良俗或损害他人利益等情形，会裁定驳回申请，不予确认调解协议的效力。
   • 或者，在司法确认过程中，若发现调解协议存在可撤销的情形（如欺诈、胁迫等），法院也会根据当事人的申请或依职权撤销调解协议。
   • 在此情况下，案件不会因司法确认而结案，而是可能回到诉讼程序，由法院继续审理并作出判决。或者，如果当事人选择其他纠纷解决方式（如仲裁、再次调解等），则案件会按照相应程序处理。

针对司法确认后的处理建议：

• 对于司法确认成功的案件：当事人应严格按照调解协议的内容履行义务，避免违约行为导致法律责任。同时，建议保留好相关证据，以备不时之需。
• 对于司法确认失败的案件：当事人应及时与法院沟通，了解案件后续处理方式。如果选择继续诉讼，应积极准备证据材料，参与庭审过程；如果选择其他纠纷解决方式，应了解并遵守相应程序的规则和要求。

在处理此类案件时，务必遵循法律程序，确保自身权益得到合法保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。