结论：女方在双方已达成协议分手后，发现自己宫外孕并起诉男方要求赔偿，是否能获得赔偿需视具体情况而定，不能一概而论。
一、法律关系分析
协议分手的性质：
- 双方达成的分手协议，若仅涉及感情关系的解除及部分财产分割等，通常不涉及对未来可能发生的医疗费用或健康损害的赔偿约定。
- 除非协议中明确约定了男方对女方未来可能出现的健康问题（包括宫外孕等）承担赔偿责任，否则该协议本身不太可能成为女方要求赔偿的直接依据。
宫外孕与男方行为的关联性：
- 宫外孕的发生可能由多种因素导致，包括但不限于女方自身的生理状况、过往病史、以及双方在性行为中的安全措施等。
- 若女方能证明宫外孕的发生与男方的行为（如未采取安全措施、隐瞒性病史等）存在直接因果关系，且男方存在过错，则女方可能有权要求男方承担相应的赔偿责任。
法律责任的认定：
- 根据《民法典》的相关规定，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。
- 在此情况下，若男方存在过错（如故意或过失导致女方怀孕并发生宫外孕），且该过错与女方的损害后果之间存在因果关系，则男方应承担相应的赔偿责任。
二、赔偿范围与标准
医疗费用：
- 女方因宫外孕产生的医疗费用（包括手术费、住院费、药费等）是赔偿的主要部分。
- 赔偿金额应根据实际发生的费用进行计算，并需提供相应的医疗费用票据作为证据。
误工费与护理费：
- 若女方因宫外孕需要休息或护理，导致无法正常工作或需要他人照顾，则男方可能需承担相应的误工费与护理费。
- 赔偿标准应根据女方的实际收入情况、护理期限及护理人员的收入情况等进行计算。
精神损害赔偿：
- 若宫外孕给女方造成了严重的精神损害（如焦虑、抑郁等），则女方可能有权要求男方承担精神损害赔偿责任。
- 赔偿金额应根据精神损害的程度、持续时间及当地的经济水平等因素进行酌情确定。
三、实际操作建议
收集证据：
- 女方应尽快收集与宫外孕相关的医疗记录、费用票据等证据，以证明其损害后果及实际发生的费用。
- 若可能，女方还应收集与男方行为相关的证据（如聊天记录、证人证言等），以证明男方存在过错及该过错与损害后果之间的因果关系。
协商与调解：
- 在起诉前，女方可以尝试与男方进行协商或寻求第三方调解，以达成和解协议并避免诉讼。
- 若协商或调解无果，女方再考虑通过法律途径解决争议。
法律途径：
- 若女方决定通过法律途径解决争议，应咨询专业律师并准备相应的诉讼材料。
- 在诉讼过程中，女方应积极配合律师的工作，提供必要的证据和信息，以维护自己的合法权益。
总结与建议：女方在双方已达成协议分手后发现自己宫外孕并起诉男方要求赔偿，是否能获得赔偿需视具体情况而定。建议女方先收集相关证据，并尝试与男方进行协商或调解。若无法达成和解，再考虑通过法律途径解决争议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。