结论前置：女方在起诉离婚时，可以同时要求男方支付孩子的抚养费。以下是具体分析和操作建议：

1. 抚养费请求的法律依据

根据《中华人民共和国民法典》第一千零八十五条：“离婚后，子女由一方直接抚养的，另一方应当负担部分或者全部抚养费。负担费用的多少和期限的长短，由双方协议；协议不成的，由人民法院判决。”
即使双方已分居多年，只要未办理离婚手续，婚姻关系仍存续，但女方在起诉离婚时，可一并主张孩子抚养费。抚养费的标准通常根据子女的实际需要、父母的负担能力以及当地实际生活水平确定，一般按月总收入的20%-30%计算（无固定收入的，可参考同行业平均收入）。

2. 起诉时的操作要点

• 诉讼请求明确：在起诉状中需写明要求男方支付抚养费的具体金额（如每月XX元）、支付方式（按月/季度）及支付期限（至子女年满18周岁或独立生活为止）。
  
• 证据准备：需提供子女身份证明（出生证、户口本）、分居期间子女实际由女方抚养的证据（如生活开支票据、学校接送记录等），以及男方收入证明（工资流水、纳税记录等，若无法提供，可申请法院调查）。
  
• 分居事实的证明：若分居期间未签订书面协议，可通过邻居证言、租房合同、通信记录等证明双方长期未共同生活。

3. 分居期间的抚养费处理

若分居期间男方未支付抚养费，女方可在起诉时主张“追溯抚养费”，即要求男方补付分居期间的费用。但需注意：

• 若分居期间双方未就抚养费达成协议，法院可能根据实际需要和男方支付能力酌情支持部分或全部追溯请求；
  
• 若男方能证明分居期间已通过其他方式（如直接支付学费、医疗费）履行了部分抚养义务，法院可能相应扣减。

4. 特殊情况提示

• 若男方拒不履行判决：女方可向法院申请强制执行，法院可采取冻结银行账户、查封财产、限制高消费等措施；
  
• 若男方无支付能力：可协商以实物（如房产使用权）或劳务（如定期探望并承担部分照顾责任）替代现金支付，但需法院认可；
  
• 若子女已成年：原则上不再支持抚养费，但若子女因残疾、疾病等无法独立生活，可主张继续支付。

建议：女方在起诉前可先与男方协商抚养费金额及支付方式，若协商不成，再通过法律途径解决。起诉时需确保证据充分，避免因证据不足导致诉求被驳回。如有具体问题（如证据收集、抚养费计算），可直接向我咨询，我会结合您的实际情况提供详细方案。