在违法建筑案件的办理过程中，确实存在多个难点，这些难点不仅涉及法律层面的复杂性，还包括实际操作中的种种挑战。以下是对这些难点的详细阐述：

一、历史久远违法建筑的处理难题

对于历史久远形成的违法建筑，如何界定其违法性质、确定处理方式是一大难点。这些建筑往往因年代久远，相关规划、用地手续缺失，导致在处理时难以找到明确的法律依据。此外，如何平衡保护历史文化遗产与依法拆除违法建筑之间的关系，也是行政执法领域需要谨慎考虑的问题。

二、行政强制执行程序的制约

目前，行政强制执行的法定程序期长，这在一定程度上影响了违法建筑及时消除违法状态的效果。在程序执行期间，违法建筑可能继续存在并产生不良影响，如影响城市规划、破坏环境等。同时，现行对违法建筑的处理方式较为单一，主要依赖拆除手段，缺乏多样化、有效的制约措施，如对违法相对人的信用惩戒制度尚不完善，难以形成强大的威慑力。

三、市民法律意识与配合度问题

市民对违法建筑的法律意识不强是另一个重要难点。一方面，部分违建户法律意识淡薄，认为改建或扩建房屋是个人行为，与他人无关；另一方面，乡镇房屋报建相关文件出台后，宣传、贯彻力度不够，政策宣传滞后，导致部分群众未能在规定时限内进行报建。此外，房屋结构设计预留空间大、物业公司管理不到位、房地产企业销售误导等因素也加剧了违法建筑问题的复杂性。

四、多部门联动与协调机制不足

违法建筑案件的办理往往涉及多个部门，如规划、城管、工商、物业等。然而，目前各部门之间的联动与协调机制尚不完善，导致在处理违法建筑时可能出现推诿扯皮、效率低下等问题。加强部门间的沟通与协作，形成合力，是破解违法建筑案件办理难点的重要途径。

五、法律法规的衔接与适用问题

在处理违法建筑案件时，还需要注意法律法规的衔接与适用问题。不同法律法规之间可能存在交叉或冲突的情况，如何准确适用法律、确保执法公正性是一大挑战。此外，随着法律法规的不断更新和完善，如何及时调整执法策略、确保执法行为的合法性也是需要考虑的问题。

针对以上难点，建议采取多管齐下的策略：加强法律法规宣传、提高市民法律意识；完善行政强制执行程序、丰富处理手段；加强部门联动与协调、形成执法合力；以及注重法律法规的衔接与适用、确保执法公正性。通过这些措施的实施，有望有效破解违法建筑案件办理中的难点问题。