针对您提出的问题，即起诉小三微信还款但微信实名不是小三的情况，以下是我的分析和建议：
证据收集与固定：
- 微信聊天记录：尽管微信实名不是小三，但聊天记录本身可以作为证据，证明小三与您配偶之间的不正当关系以及可能存在的财产往来。请确保聊天记录的完整性和真实性，不要删除或修改任何内容。
- 转账记录：如果通过微信进行了转账，请保存好转账记录，包括转账时间、金额、收款方信息等。这些记录可以作为证明财产往来的直接证据。
- 其他证据：如有可能，收集其他与小三相关的证据，如照片、视频、证人证言等，以进一步证明小三的身份和与您配偶的关系。
法律途径与策略：
- 起诉小三：在收集到足够证据后，您可以考虑起诉小三，要求其返还非法所得。在起诉时，您需要明确指出微信虽然实名不是小三，但实际使用人是小三，且该微信账号与您配偶之间的财产往来与小三有关。
- 追加被告：如果微信实名信息对查明事实至关重要，您可以考虑在起诉时追加微信账号的实名所有人为被告，要求其提供相关信息或承担相应责任。但这一策略需要谨慎使用，因为实名所有人可能并非实际使用人，且追加被告可能增加诉讼的复杂性和成本。
- 申请法院调查：在诉讼过程中，您可以向法院申请调查令，要求微信公司等第三方机构提供与案件相关的信息，如微信账号的实际使用人、转账记录等。这有助于您更准确地查明事实，维护自己的合法权益。
注意事项与风险提示：
- 证据的真实性与合法性：在收集证据时，请确保证据的真实性和合法性。不要使用非法手段获取证据，否则可能导致证据无效或面临法律责任。
- 诉讼风险：起诉小三存在一定的诉讼风险，包括证据不足、对方否认等。因此，在起诉前请充分评估风险，并制定相应的诉讼策略。
- 法律程序与时间成本：诉讼程序可能较为复杂且耗时较长。在起诉前请做好充分的准备，并考虑时间成本等因素。
针对您的情况，我建议您首先收集并固定相关证据，然后咨询专业律师以制定具体的诉讼策略。在诉讼过程中，请遵循法律程序，尊重法院的判决，并依法维护自己的合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。