自然资源限期拆除建筑是否算重大行政处罚，需结合具体法律性质与影响程度综合判断，但限期拆除本身不属于行政处罚的法定种类。以下从法律性质、是否构成重大行政处罚的判断标准、实务建议三个角度详细分析：
一、法律性质：限期拆除不属于行政处罚的法定种类
根据《中华人民共和国行政处罚法》第九条，行政处罚的种类包括：
- 警告、通报批评；
- 罚款、没收违法所得、没收非法财物；
- 暂扣许可证件、降低资质等级、吊销许可证件；
- 限制开展生产经营活动、责令停产停业、责令关闭、限制从业；
- 行政拘留；
- 法律、行政法规规定的其他行政处罚。
限期拆除并未被明确列入上述种类。尽管《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条规定，对无法采取改正措施消除影响的违法建筑，可“限期拆除”，但这一规定更多体现为行政机关对违法建筑的纠正措施，而非直接以惩罚为目的的行政处罚。从性质上看，限期拆除更侧重于恢复法律秩序，而非对违法行为的惩戒。
二、是否构成重大行政处罚的判断标准
重大行政处罚通常指对当事人权益产生重大影响的处罚措施。判断限期拆除是否构成重大行政处罚，需考虑以下因素：
- 对当事人权益的影响程度：限期拆除可能导致当事人财产损失（如建筑成本、使用价值等），若拆除的建筑规模较大、价值较高，或拆除后对当事人生产经营、生活造成严重影响，则可能构成重大行政处罚。
- 处罚的法定性与程序正当性：若限期拆除决定依法作出，且程序正当（如充分告知当事人权利、听取陈述申辩等），则其合法性较高，但不影响其是否构成重大行政处罚的判断。
- 社会影响与公共利益：若限期拆除涉及公共利益（如城市规划、环境保护等），且社会关注度较高，可能被视为重大行政行为，但同样不直接等同于重大行政处罚。
需明确的是，即使限期拆除对当事人权益影响重大，因其不属于行政处罚的法定种类，严格意义上也不构成“重大行政处罚”。但实务中，若限期拆除决定被复议机关或法院撤销，或因程序违法被确认无效，可能引发行政赔偿等法律责任，此时需结合具体案情判断。
三、实务建议
- 区分行政处罚与行政命令：限期拆除更接近于行政命令（如责令改正），而非行政处罚。当事人对限期拆除决定不服的，可通过行政复议或行政诉讼途径维权，但需注意复议或诉讼的期限（如接到决定之日起十五日内起诉）。
- 关注程序合法性：若认为限期拆除决定程序违法（如未充分告知权利、未听取陈述申辩等），可在复议或诉讼中主张程序违法，请求撤销或确认无效。
- 评估损失与赔偿：若限期拆除导致财产损失，且行政机关存在过错（如违法拆除、未依法补偿等），可主张行政赔偿。赔偿范围包括直接损失（如建筑成本）和间接损失（如停产停业损失），但需提供充分证据。
总结：自然资源限期拆除建筑不属于行政处罚的法定种类，因此不构成“重大行政处罚”。但若限期拆除对当事人权益影响重大，或行政机关程序违法，可能引发行政复议、行政诉讼或行政赔偿等法律责任。如有具体案情或法律问题，可直接向我咨询。