针对您提出的“留置后发现过了诉讼时效怎么处理”的问题，这是一个涉及法律追诉时效与党纪政务处分关系的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，追诉时效是刑法规定的对涉嫌犯罪人员进行刑事追诉的有效期限。一旦超过这个期限，司法机关一般就不再追诉，即不再对犯罪嫌疑人提起刑事诉讼。这是基于我国刑法第八十七条的规定，即“犯罪经过下列期限不再追诉：（一）法定最高刑为不满五年有期徒刑的，经过五年；（二）法定最高刑为五年以上不满十年有期徒刑的，经过十年；（三）法定最高刑为十年以上有期徒刑的，经过十五年；（四）法定最高刑为无期徒刑、死刑的，经过二十年。如果二十年以后认为必须追诉的，须报请最高人民检察院核准”。

然而，追诉时效的经过并不意味着犯罪行为的消失或不被评价。在纪检监察机关的执纪执法过程中，即使涉嫌犯罪的行为已经过了追诉时效，纪检监察机关仍需从党纪国法层面做出适当评价。这是因为党纪处分和政务处分并未设置追诉时效制度，对于违纪违法行为，无论其发生时间多久，都应进行查清事实并给予相应的处分。

具体来说，对于过了追诉时效的涉嫌犯罪行为，在定性时仍应按照涉嫌犯罪问题进行定性。这是因为其本质仍是涉嫌犯罪问题，只是在最终的处理上，不再移送司法、适用刑罚来体现法律后果。在适用处分依据时：

• 对于党纪处分，应适用《中国共产党纪律处分条例》第二十七条，该条规定：“党组织在纪律审查中发现党员有贪污贿赂、滥用职权、玩忽职守、权力寻租、利益输送、徇私舞弊、浪费国家资财等违反法律涉嫌犯罪行为的，应当给予撤销党内职务、留党察看或者开除党籍处分”。

• 对于政务处分，应适用《中华人民共和国公职人员政务处分法》的相关规定，给予撤职或者开除处分。这是因为公职人员政务处分法中关于贪污贿赂、滥用职权、玩忽职守等行为亦未规定追诉时效相关问题，按照党纪重处分同时匹配政务重处分的原则，对过了追诉时效的涉嫌犯罪行为，应给予相应的政务重处分。

综上所述，即使留置后发现涉嫌犯罪的行为已经过了诉讼时效，纪检监察机关仍需对其进行定性并给予相应的党纪政务处分。这是为了维护党纪国法的严肃性，确保违纪违法行为得到应有的评价和处理。