纪委对村干部未经审批占用村集体建设用地建房的处理方式，需结合具体情节和党纪政纪规定，分以下情形处理：
若存在违规审批或滥用职权行为
根据《中国共产党纪律处分条例》第122条，村干部作为基层管理人员，若利用职务便利擅自批准占用集体土地建房，或明知审批程序违法仍推动实施，属于“滥用职权”或“违规决策”行为。纪委可依据情节轻重，给予警告、严重警告、撤销党内职务等处分；若造成集体财产重大损失或恶劣社会影响，可进一步追究留党察看或开除党籍责任。
若存在利益输送或谋取私利行为
若村干部占用土地建房的目的是为个人或亲属谋取利益（如低价占用、违规分配宅基地），可能涉及《中国共产党纪律处分条例》第94条规定的“利用职务便利为他人谋取利益并收受财物”或“侵占集体财物”行为。纪委可按受贿罪或职务侵占罪的党纪标准处理，情节严重的移送司法机关追究刑事责任。
若存在程序违法但无主观恶意
若村干部因工作疏忽或对政策理解偏差导致未履行审批程序，但未从中谋取私利，纪委可依据《中国共产党纪律处分条例》第133条，以“工作失职”或“违反工作程序”给予批评教育、责令检查、通报批评等较轻处分，同时要求限期整改（如补办审批手续、恢复土地原状）。
处理流程补充说明：
纪委调查通常包括立案审查、证据收集（如土地使用记录、审批文件、证人证言）、与当事人谈话、形成处理意见等环节。若涉及刑事犯罪（如非法占用农用地罪），纪委会将案件移送公安机关立案侦查，同时可能建议村集体通过民事诉讼追偿损失。
建议：若您是村民或相关方，可向乡镇纪委或县级纪检监察机关实名举报，并提供土地占用时间、位置、建房主体等证据；若您是村干部，建议主动配合调查，说明情况并积极整改，以减轻处分影响。
如有进一步细节需分析，可直接向我提问。