结论：在商家返还了1000元消费后，是否可以把有问题的食品直接给他，需根据具体情况来决定，不能一概而论。以下是从不同角度进行的分析：
一、从消费者权益保护角度
保留证据：
- 在处理有问题的食品时，消费者首先应考虑的是保留相关证据。这包括购买凭证（如发票、收据）、问题食品的照片或视频，以及可能存在的医疗证明（如果因食用问题食品导致健康受损）。
- 返还食品给商家前，应确保已充分保留这些证据，以便在后续维权过程中使用。
协商与投诉：
- 消费者有权要求商家对问题食品进行赔偿或处理。在商家返还消费金额后，如果消费者认为赔偿不足或商家处理方式不当，可以继续与商家协商，或向消费者协会、市场监管部门等投诉。
- 在此过程中，问题食品可能作为关键证据被需要，因此不建议轻易返还给商家，除非已确保证据充分且商家同意以其他方式处理。
二、从食品安全法规角度
商家责任：
- 根据《中华人民共和国食品安全法》等相关法规，商家有义务确保销售的食品符合安全标准。如果食品存在问题，商家应承担相应的法律责任，包括赔偿消费者损失、召回问题食品等。
- 商家返还消费金额可能是其承担责任的一种方式，但并不意味着消费者必须返还问题食品。
证据留存与法律程序：
- 如果消费者打算通过法律途径维护自己的权益，如起诉商家，那么问题食品可能作为关键证据被法院要求提供。
- 在此情况下，消费者应谨慎处理问题食品，避免在未得到法律建议或法院指示前擅自返还给商家。
三、实际操作建议
与商家沟通：
- 在决定是否返还问题食品前，建议与商家进行充分沟通，明确双方的责任和义务，以及商家对问题食品的处理方式。
- 如果商家同意以其他方式（如赔偿、换货等）解决问题，且消费者已保留充分证据，那么可以考虑将问题食品返还给商家。
寻求法律建议：
- 如果消费者对如何处理问题食品存在疑虑或不确定，建议寻求专业律师的法律建议。
- 律师可以根据具体情况提供针对性的法律意见，帮助消费者做出明智的决策。
总结与建议：在商家返还了1000元消费后，是否可以把有问题的食品直接给他并没有一个固定的答案。消费者应根据自己的实际情况、证据留存需求以及法律程序的要求来做出决策。如果有任何疑虑或不确定，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。