在自己的土地上申请建小厂是否违法，需根据土地性质、规划用途及审批手续等多方面因素综合判断。未经批准擅自建设均属违法，合规建设需确保土地性质符合、规划用途允许，并办理完备的建设审批手续。以下从不同角度进行详细分析：
一、土地性质与用途管制
农用地：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》相关规定，农用地（如耕地、林地等）原则上不得用于非农业建设。未经依法批准，在农用地上建厂属于违法行为。
- 若需将农用地转为建设用地进行工厂建设，必须办理农用地转用审批手续并获得批准。这包括向当地自然资源主管部门提交申请，经过规划、环保等多部门的审核，最终获得农用地转用批准文件。
建设用地：
- 对于已划分为建设用地的土地，若其规划用途允许工业建设，且建设者依法办理了建设工程规划许可证、施工许可证等相关审批手续，则在此土地上建厂是合法的。
- 反之，若规划用途不符（如规划为住宅用地却用于建厂）或未办理相关手续，则建设行为违法。
宅基地特殊情况：
- 宅基地主要用于建造住宅，不得用于建设生产厂房。在宅基地上建厂属于违法行为，违反了《中华人民共和国土地管理法》关于宅基地使用规定的相关条款。
二、建设许可与审批
- 无论土地性质如何，进行建设活动均需获得相应的建设许可。这包括但不限于建设用地许可证、建设工程规划许可证、施工许可证等。
- 未办理相关手续擅自进行建设，均属于违法行为。例如，未取得施工许可证就擅自开工建设，将面临责令停止施工、罚款等处罚。
三、法律责任与后果
- 对于违法占用土地建设的行为，相关部门将依法进行查处。可能的法律责任包括拆除违建、恢复土地原状、罚款等。
- 在某些严重情况下，如非法占用农用地并造成大量毁坏，还可能构成刑事犯罪，如非法占用农用地罪。根据《中华人民共和国刑法》及相关司法解释，非法占用耕地改作他用，数量较大，造成耕地大量毁坏的，将依法追究刑事责任。
四、合法建厂建议
确认土地性质和用途：
- 在有建厂需求时，首先应确认土地的性质和用途是否符合建设要求。可通过查询当地土地利用总体规划、城乡规划等文件来了解。
办理审批手续：
- 若土地为农用地，需办理农用地转用审批手续并获得批准。这包括提交农用地转用申请、环境影响评价报告等材料，经过多部门的审核和批准。
- 严格遵守相关法律法规和城乡规划要求，确保建设行为的合法性。这包括办理建设用地许可证、建设工程规划许可证、施工许可证等必要手续。
咨询与了解：
- 在建设前咨询当地土地管理部门或专业律师（如我），以确保建设活动的合规性，避免不必要的法律风险和经济损失。
示例说明：
假设某农民计划在自己的耕地上建一个小型加工厂。由于耕地属于农用地，原则上不得用于非农业建设。因此，该农民需先向当地自然资源主管部门提交农用地转用申请，经过规划、环保等多部门的审核和批准后，方可办理建设用地许可证、建设工程规划许可证等手续。若未经批准擅自建设，将面临拆除违建、恢复土地原状、罚款等法律责任。
总结与建议：
在自己的土地上建厂需严格遵守国家法律法规和城乡规划要求，确保土地性质符合、规划用途允许，并办理完备的建设审批手续。任何未经批准擅自进行的建设活动均属违法，将承担相应的法律责任。因此，在有建厂需求时，务必事先咨询当地土地管理部门或专业律师（如我），以确保建设活动的合规性。