在甲方明知乙方是挂靠公司的情况下，甲方可能存在一定的过错，但具体过错程度及法律责任需结合实际情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、挂靠关系的法律性质及风险
挂靠关系通常指没有资质的实际施工人或经营者，借用有资质的建筑施工企业或公司的名义，对外从事经营活动。这种关系在法律上往往被视为无效或存在瑕疵，因为它违反了市场准入和资质管理的规定，可能损害公共利益和第三方的合法权益。
二、甲方的过错分析
明知挂靠而仍选择合作：
- 如果甲方在明知乙方是挂靠公司的情况下，仍然选择与其合作，那么甲方在主观上可能存在过错。这种过错体现在甲方对合作对象的选择上缺乏审慎，没有尽到合理的注意义务。
- 甲方的这种过错可能导致其承担一定的法律责任，尤其是在因挂靠关系引发纠纷或损失时，甲方可能因明知而需承担连带责任或补充责任。
对挂靠行为的默许或纵容：
- 如果甲方不仅明知乙方是挂靠公司，还在合作过程中对乙方的挂靠行为采取默许或纵容的态度，那么甲方的过错程度将进一步加重。
- 在这种情况下，甲方可能被视为与乙方共同实施了违法行为，从而需要承担更重的法律责任。
三、法律后果及责任承担
合同效力问题：
- 如果甲方与乙方之间的合同因挂靠关系而被认定为无效，那么双方可能需要根据各自的过错程度承担相应的责任。甲方因明知挂靠而可能承担较大的责任份额。
损害赔偿责任：
- 如果因挂靠关系导致第三方受损，甲方和乙方可能需要共同承担赔偿责任。在这种情况下，甲方的明知行为可能成为其承担赔偿责任的重要依据。
行政处罚风险：
- 除了民事责任外，甲方还可能因明知挂靠而面临行政处罚的风险。例如，如果挂靠行为违反了相关行业管理规定或市场准入条件，甲方可能因与乙方共同实施违法行为而受到行政处罚。
四、建议与措施
审慎选择合作对象：
- 甲方在选择合作对象时，应严格审查对方的资质和信誉，避免与存在挂靠关系的公司合作。
完善合同条款：
- 如果甲方确实需要与乙方合作，应在合同中明确约定双方的权利义务、责任承担等条款，以降低法律风险。
加强监管与合规管理：
- 甲方应加强对合作过程的监管，确保乙方按照合同约定履行义务，避免因挂靠关系引发纠纷或损失。
如果您在类似情况中遇到法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律服务。