未经许可生产机动车辆应由市场监督管理部门（原工商行政管理部门）进行处罚。
具体来说：
处罚依据：根据《中华人民共和国道路交通安全法》（2011年修订）第一百零三条第三款规定，擅自生产、销售未经国家机动车产品主管部门许可生产的机动车型的，没收非法生产、销售的机动车成品及配件，可以并处非法产品价值三倍以上五倍以下罚款；有营业执照的，由工商行政管理部门吊销营业执照，没有营业执照的，予以查封。
处罚执行主体：该法条明确规定了由工商行政管理部门（现市场监督管理部门）负责执行相关处罚。这包括了对有营业执照的单位进行吊销营业执照的处罚，以及对没有营业执照的单位进行查封的处罚。
处罚流程：市场监督管理部门在发现擅自生产、销售未经许可的机动车辆后，会进行立案调查，收集证据，并依法作出处罚决定。处罚决定会包括没收非法产品、罚款、吊销营业执照或查封等措施。在作出处罚决定前，市场监督管理部门会告知当事人相关的事实、理由及依据，并保障当事人的陈述、申辩等权利。
综上所述，未经许可生产机动车辆是一种违法行为，应由市场监督管理部门依法进行处罚。如果您对此类问题有进一步的疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。