交通部门可以单独对超限超载进行处罚。

首先，根据《中华人民共和国公路法》以及《公路安全保护条例》的相关规定，交通主管部门或其授权的公路管理机构有权对超限运输行为进行查处，并可以依法实施处罚。这些法规赋予了交通部门对超限运输的执法权，并未要求必须与公安部门联合执法才能实施处罚。

其次，虽然《交通运输部 公安部关于治理车辆超限超载联合执法常态化制度化工作的实施意见(试行)》(交公路发〔2017〕173号)文件提出了路警联合执法的机制，但这主要是为了加强部门间的协作，提高执法效率，减少和杜绝多头执法、重复罚款，而并非否定交通部门单独执法的权力。该文件明确指出，公路管理机构负责检测车辆装载情况并监督消除违法行为，公安交通管理部门单独实施处罚和记分。这并不意味着交通部门不能单独对超限超载进行处罚，而是在联合执法的情况下，处罚和记分的具体实施由公安交通管理部门负责。

因此，在实践中，如果交通部门发现车辆存在超限超载的违法行为，他们有权依法进行查处，并可以根据违法行为的性质、情节和危害程度，依据相关法律法规的规定实施处罚。当然，在执法过程中，交通部门也应当遵循法定程序，确保执法的公正性和合法性。

综上所述，交通部门可以单独对超限超载进行处罚，这是他们依法履行的职责。如果车主或驾驶员对处罚有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。