在项目所有证件都齐全的情况下，两年内没有施工，并不意味着所有手续都需要更换，这主要取决于具体的证件类型、有效期以及相关法律法规的规定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、证件有效期角度
建设用地规划许可证、建设工程规划许可证：
- 这类证件通常会有明确的有效期。如果证件在两年内未施工但仍在有效期内，那么无需更换。
- 若证件已过期，则需要按照相关规定重新申请或办理延期手续。
建筑工程施工许可证：
- 根据《建筑工程施工许可管理办法》的规定，施工许可证的有效期通常为3个月，但可以申请延期，每次延期不超过3个月，且延期次数由发证机关决定。
- 如果施工许可证在两年内未施工且已过期，那么需要重新申请施工许可证。
- 如果施工许可证仍在有效期内（包括经过延期后的有效期），则无需更换。
二、法律法规及政策角度
- 不同地区、不同时间段的法律法规和政策可能有所不同。有些地区可能对长期未施工的项目有特定的管理规定，如要求重新办理某些手续或进行项目评估等。
- 因此，即使所有证件在形式上仍然有效，也需要关注当地是否有新的政策或规定出台，以及这些政策或规定是否对项目产生了影响。
三、实际操作建议
核查证件有效期：
- 首先，应核查所有相关证件的有效期，确保它们在两年内仍然有效。
咨询当地主管部门：
- 由于不同地区可能有不同的管理规定和政策，建议咨询当地的建设主管部门或相关政府部门，了解项目长期未施工是否需要重新办理某些手续。
准备必要材料：
- 如果需要重新办理某些手续或申请延期，应提前准备好必要的材料，如项目可行性研究报告、环境影响评价报告等。
关注政策变化：
- 密切关注当地政策的变化，确保项目始终符合最新的法律法规和政策要求。
总结与建议：在项目所有证件都齐全的情况下，两年内没有施工并不意味着所有手续都需要更换。关键在于核查证件的有效期、咨询当地主管部门、准备必要材料以及关注政策变化。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议。