来源不明罪（即巨额财产来源不明罪）最严重的三个阶段是调查阶段、说明阶段和判定阶段。这三个阶段在司法实践中对案件的走向和最终处理结果具有决定性影响。下面我将详细分析这三个阶段：

一. 调查阶段

这一阶段是整个案件处理的关键环节。相关部门（如纪检监察机关、检察机关等）在发现国家工作人员的财产、支出明显超过其合法收入，存在差额巨大的情况后，将启动正式的调查程序。调查内容主要包括：

1. 核实财产状况：对国家工作人员的财产进行全面清查，包括动产、不动产、存款、有价证券等。
2. 调查收入情况：核实国家工作人员的工资、奖金、补贴、继承、赠与、存款利息、股份分红等合法收入。
3. 审查支出明细：审查国家工作人员的日常生活消费支出、投资支出等，以确定财产与收入之间的差额。
4. 收集证据材料：对相关人员进行询问、调查取证，以收集足够的证据材料，为后续的说明和判定奠定基础。

这一阶段的工作至关重要，直接关系到后续阶段能否顺利进行。如果调查不充分或证据不足，可能会影响案件的公正处理。

二. 说明阶段

根据《中华人民共和国刑法》第三百九十五条的规定，当国家工作人员的财产、支出明显超过合法收入，差额巨大时，可以责令该国家工作人员说明来源。这一阶段的主要任务是：

1. 责令说明来源：相关部门会要求被调查人员对其巨额财产的来源进行合理解释和说明。
2. 审查说明内容：对被调查人员的说明内容进行审查，判断其是否合理、可信，并收集相关证据进行佐证。

如果被调查人员能够说明财产来源的合法性，且相关证据能够支持其说明，则可能不构成巨额财产来源不明罪。否则，将进入下一个阶段。

三. 判定阶段

经过调查阶段和说明阶段后，如果国家工作人员不能说明其巨额财产的合法来源，或者其说明不能得到证实，那么相关部门将依法对其作出判定。这一阶段的主要任务是：

1. 依法判定：根据《中华人民共和国刑法》第三百九十五条的规定，不能说明来源的差额部分以非法所得论，处五年以下有期徒刑或者拘役；差额特别巨大的，处五年以上十年以下有期徒刑。
2. 追缴非法所得：对判定的非法所得部分予以追缴，上缴国库。

这一阶段是案件处理的最终阶段，也是对国家工作人员违法行为进行法律制裁的关键环节。

总结：

来源不明罪（即巨额财产来源不明罪）最严重的三个阶段是调查阶段、说明阶段和判定阶段。这三个阶段相互衔接、逐步深入，确保了案件的公正、合法处理。在司法实践中，相关部门必须严格按照法律规定和程序要求进行工作，以确保案件的准确性和公正性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。