您好，针对您提出的“自然人店铺如果不办理市场主体登记会怎么样”的问题，我可以为您详细解答。
首先，根据《市场主体登记管理条例》的相关规定，市场主体，包括自然人以营利为目的从事经营活动的个体工商户等，都应当依照条例办理登记。这是为了规范市场主体登记管理行为，推进法治化市场建设，维护良好的市场秩序和市场主体的合法权益。
如果自然人店铺未按照规定办理市场主体登记，而以市场主体名义从事经营活动，这可能会面临一系列的法律后果。具体来说：
法律责任：未经登记而从事经营活动的自然人店铺，可能会被视为非法经营，需要承担相应的法律责任。这包括但不限于罚款、没收违法所得，甚至可能面临更严重的法律处罚。
市场秩序影响：未办理登记的自然人店铺可能无法享受到正规市场主体所享有的权益和保护，同时也可能对市场秩序造成一定的影响。比如，它们可能无法参与正规的招投标活动，无法享受税收优惠政策等。
消费者权益保护：对于消费者来说，与未办理登记的自然人店铺进行交易可能存在一定的风险。一旦发生消费纠纷，消费者可能难以维护自己的合法权益，因为这些店铺可能没有正规的投诉渠道和解决机制。
政府监管难度：未办理登记的自然人店铺增加了政府监管的难度。政府难以对其实施有效的监管和管理，这可能导致市场出现不公平竞争、偷税漏税等问题。
因此，我建议您如果打算开设自然人店铺，务必按照相关规定办理市场主体登记。这样不仅可以确保您的经营活动合法合规，还可以享受到正规市场主体所享有的权益和保护。同时，也有助于维护良好的市场秩序和保护消费者的合法权益。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。