法院确认劳动关系确实存在诉讼时效，一般为三年。以下是对这一问题的详细分析：
一、诉讼时效的法律依据
根据《民法典》第一百八十八条的规定：“向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。”这一条款明确规定了民事权利保护的诉讼时效期间，确认劳动关系作为民事权利保护的一种，同样适用这一规定。
二、诉讼时效的具体应用
时效起算点：诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。在确认劳动关系的情境中，这通常意味着劳动者在知道或应当知道其劳动关系未被确认或受到侵害时，开始计算诉讼时效。
时效中断与中止：根据《民法典》及相关司法解释，诉讼时效可能因权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务、权利人提起诉讼或申请仲裁等情形而中断，从中断时起，诉讼时效期间重新计算。同时，因不可抗力或其他正当理由不能行使请求权的，诉讼时效中止，从中止时效的原因消除之日起，诉讼时效期间继续计算。
最长保护期限：虽然诉讼时效一般为三年，但自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。这意味着，如果劳动者在二十年内未提起诉讼或申请仲裁，其确认劳动关系的请求将可能得不到法院的支持。不过，在特殊情况下，人民法院可以根据权利人的申请决定延长诉讼时效期限。
三、实务建议
及时主张权利：劳动者在发现其劳动关系未被确认或受到侵害时，应及时向用人单位提出异议，并保留相关证据。如果无法通过协商解决，应及时向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，以避免超过诉讼时效。
注意证据收集：在确认劳动关系的诉讼中，证据的收集至关重要。劳动者应保留与用人单位的劳动合同、工资支付凭证、工作证等能够证明劳动关系的证据。这些证据将在诉讼中起到关键作用。
咨询专业律师：虽然我已经为你提供了详细的法律分析，但每个案件的具体情况都有所不同。如果你在确认劳动关系的诉讼中遇到任何问题或困惑，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供有针对性的法律建议。
综上所述，法院确认劳动关系存在诉讼时效的限制，一般为三年。劳动者在维护自身权益时，应注意诉讼时效的起算点、中断与中止情形以及最长保护期限等规定，并及时主张权利、收集证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。