机械费合同和运输合同的印花税并不一样。下面我将从印花税的计税依据、税率以及具体缴纳规定等角度，对这两种合同的印花税问题进行详细分析。
一、印花税的计税依据与税率
机械费合同：
- 机械费合同通常属于加工承揽合同或建筑安装工程承包合同范畴。
- 根据《中华人民共和国印花税法》及相关规定，加工承揽合同的印花税税率为合同价款的万分之五（部分情况下可能有所不同，具体需根据合同性质确定），而建筑安装工程承包合同的印花税税率同样为合同价款的万分之三（但具体税率可能因合同细节和地区政策有所调整）。计税依据为合同上载明的金额。
运输合同：
- 运输合同明确属于应税合同范畴，税率为运输费用的万分之三。
- 计税依据为合同上载明的运输费用金额。
二、具体缴纳规定
机械费合同：
- 合同的双方，即定作方和承揽方（或发包方和承包方），均为印花税的纳税人。
- 双方需根据合同上载明的金额，按照相应的税率计算并缴纳印花税。
运输合同：
- 合同的双方，即托运方和承运方，均为印花税的纳税人。
- 双方需根据合同上载明的运输费用金额，按照万分之三的税率计算并缴纳印花税。
- 如果合同中未明确注明运费金额，则可能按照合同所载明的其他相关费用或按照税法规定的默认方式来计税并贴花，但这种情况在运输合同中较为少见，通常运输费用会明确约定。
三、特殊情况与注意事项
- 对于机械费合同和运输合同，如果合同中涉及多个税目或存在混合计税的情况，需根据税法规定和合同具体内容来确定计税方式和税率。
- 纳税人应仔细审查合同条款，确保正确计算税额并及时申报缴纳印花税，以避免因漏报、错报而产生的法律风险和额外税务负担。
总结与建议：
机械费合同和运输合同的印花税在计税依据、税率以及具体缴纳规定上均存在差异。因此，在签订和履行这两种合同时，纳税人应充分了解并遵守相关税法规定，确保正确计算和缴纳印花税。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。