结论前置：在运输合同中，合同双方（即托运方和承运方）通常都需要依法缴纳印花税，具体税额依据合同所载明的运输费用及税法规定确定。
法律依据与纳税义务
主要法规：
- 根据《中华人民共和国印花税法》及其附件规定，运输合同属于应税凭证，合同双方均为印花税纳税人，需按法律规定缴纳印花税。这一规定明确了运输合同双方在印花税缴纳上的共同责任。
- 具体来说，运输合同的印花税税率为运输费用的万分之三。计算公式为：印花税 = 合同价款（不含增值税税款）× 0.03%。
纳税义务的产生：
- 印花税是一种行为税，基于法律行为（如签订运输合同）而产生。因此，一旦运输合同成立并生效，合同双方即产生了缴纳印花税的义务。
特殊情况的考虑
国际货运合同：
- 在国际货运合同中，如果由我国运输企业运输，我国运输企业所持运费结算凭证按本程运费计税，托运方按全程运费计税。
- 如果由外国运输企业运输进出口货物，外国运输企业所持运费结算凭证免纳印花税，但托运方仍需以运费金额为计税依据缴纳印花税。
非书面合同的处理：
- 如果运输服务约定是通过电子数据交换、电子邮件等方式达成的，同样需要按规定征收印花税。
- 如果仅通过口头约定且无任何书面或电子形式凭证，则不属于印花税征税范围。但这种情况在实际操作中较为少见，且存在较大的法律风险。
运费金额不明确的情况：
- 如果合同中未明确注明运费金额，则按照合同所载明的运输费用的万分之五来计税并贴花（但需注意，此处理解有误，根据最新法规，应统一按万分之三计税，若合同未明确金额，税务机关可能会核定计税依据，此处为说明特殊情况处理逻辑而保留原表述框架，实际操作中应按万分之三执行或遵循税务机关核定）。不过，在大多数情况下，合同会明确注明运费金额，以便双方计算和缴纳印花税。
缴纳流程与会计处理
- 印花税不需要计提，实际缴纳时，会计分录为：借“税金及附加—印花税”，贷“银行存款”。这一流程简化了企业的会计处理工作，但同时也要求企业及时、准确地计算和缴纳印花税。
法律建议与风险提示
仔细审查合同条款：
- 在签订运输合同时，双方应仔细审查合同条款，特别是关于运费金额、支付方式、税收承担等方面的约定。确保合同条款明确、具体，以避免后续产生纠纷。
及时申报缴纳印花税：
- 双方应在合同签订后，根据合同金额和税率及时计算应缴税费，并在规定期限内将税款存入税务部门指定账户。逾期缴纳可能会产生滞纳金或罚款等法律后果。
关注税收政策变动：
- 税率和免税政策可能因地区和时间的不同而有所调整。因此，双方应密切关注相关税收政策的变动，以确保合法合规地履行纳税义务。
保留相关凭证：
- 双方应妥善保管与运输合同相关的凭证和资料，如合同文本、运费发票等。这些凭证和资料在后续税务检查或纠纷解决中可能起到关键作用。
综上所述，运输合同双方应严格遵守相关法律法规，按照合同金额和规定税率及时缴纳印花税。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。