在二审程序中，上诉人申请撤回起诉，即便原审第三人不同意，法院是否准许需结合第三人类型及案件具体情况综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

一、第三人类型与撤诉的关系

1. 有独立请求权的第三人

   • 核心原则：若第三人对案件标的享有独立请求权（如主张所有权、债权等），其不同意撤诉时，法院通常不会准许上诉人撤回起诉。
   • 法律依据：根据《民事诉讼法》及相关司法解释，有独立请求权的第三人相当于案件的“另一方原告”，其权利直接受案件结果影响。若允许上诉人撤诉，可能损害第三人通过诉讼维护权益的机会。
   • 示例：在房屋买卖合同纠纷中，若第三人主张对争议房屋享有所有权，上诉人（买方）申请撤诉，法院会因第三人反对而继续审理，以保障第三人主张权利的途径。

2. 无独立请求权的第三人

   • 核心原则：若第三人仅与案件处理结果有法律上的利害关系（如担保人、共同侵权人等），其不同意撤诉时，法院可能准许上诉人撤回起诉，但会审查撤诉是否损害第三人利益。
   • 法律依据：根据《民事诉讼法》第59条，无独立请求权的第三人无权对案件提出独立主张，其参与诉讼的目的主要是辅助一方当事人或维护自身间接利益。若撤诉不损害其合法权益，法院可能尊重上诉人的处分权。
   • 示例：在借款合同纠纷中，担保人作为无独立请求权的第三人，若借款人（上诉人）申请撤诉，且撤诉不导致担保人承担额外责任，法院可能准许撤诉。

二、法院审查撤诉申请的核心要点

1. 撤诉是否损害公共利益或他人合法权益

   • 法律依据：根据《民事诉讼法》第173条，二审法院在审查撤诉申请时，需判断撤诉是否涉及“双方当事人串通损害国家和集体利益、社会公共利益及他人合法权益”的情形。若存在此类情形，法院不应准许撤诉。
   • 示例：在环境污染纠纷中，若上诉人（污染企业）与原告（受害人）串通撤诉以逃避责任，法院会因损害公共利益而驳回撤诉申请。

2. 撤诉是否违反法律禁止性规定

   • 核心原则：若撤诉行为违反法律强制性规定（如涉及国家秘密、个人隐私等不得公开审理的情形），法院不会准许。
   • 法律依据：根据《民事诉讼法》第137条，涉及国家秘密、个人隐私的案件不公开审理，但此规定更多针对审理程序，而非撤诉审查。实践中，撤诉审查更侧重于实体权益保护。

三、实务建议

1. 对上诉人的建议

   • 提前沟通：在申请撤诉前，建议与原审第三人充分沟通，说明撤诉理由及对第三人权益的影响，争取其理解或同意。
   • 提交书面说明：向法院提交撤诉申请时，应详细说明撤诉原因、第三人意见及对第三人权益的保障措施（如赔偿、和解等），以增加法院准许撤诉的可能性。

2. 对原审第三人的建议

   • 明确权利主张：若第三人有独立请求权，应及时向法院提交书面意见，明确反对撤诉并主张自身权利。
   • 申请参与诉讼：若第三人未被列为当事人，可依据《民事诉讼法》第59条申请以有独立请求权的第三人身份参加诉讼，以保障自身诉讼权利。

总结：二审中上诉人申请撤回起诉，原审第三人不同意时，法院是否准许需结合第三人类型、案件具体情况及撤诉是否损害公共利益或他人合法权益综合判断。建议您根据自身角色（上诉人或第三人）采取相应措施，必要时可委托律师协助处理。如有进一步疑问，欢迎直接向我咨询。