刑事案件辩护人所有的申请并非全部入卷，是否入卷取决于申请的性质、内容以及案件的具体情况。以下是对此问题的详细分析：
一、入卷的申请类型
与案件事实认定直接相关的申请：
- 例如，辩护人提出的调取证据申请、重新鉴定申请等，这些申请直接关系到案件事实的查明和证据的收集，通常会被记录在案卷中，作为案件审理的重要依据。
涉及程序性权利的申请：
- 如申请回避、申请变更强制措施等，这些申请涉及被告人的程序性权利，对案件的公正审理具有重要影响，因此也会被记录在案卷中。
法院要求或同意记录的申请：
- 在某些情况下，法院可能要求或同意将辩护人的某些申请记录在案卷中，以便于后续的审理和参考。
二、可能不入卷的申请类型
与案件事实认定无直接关联的申请：
- 例如，辩护人提出的某些程序性建议或意见，如果这些建议或意见与案件事实认定无直接关联，可能不会被记录在案卷中。
未获法院采纳或同意的申请：
- 如果辩护人提出的申请未获法院采纳或同意，且该申请对案件审理无实质性影响，那么该申请可能不会被记录在案卷中。但需要注意的是，即使申请未获采纳，辩护人也有权要求法院对其申请进行书面答复，并保留相关证据。
涉及隐私或敏感信息的申请：
- 在某些情况下，辩护人提出的申请可能涉及被告人的隐私或敏感信息，如个人健康状况、家庭背景等。为了保护被告人的隐私权，这些申请可能不会被完整记录在案卷中，或者会进行适当的脱敏处理。
三、法律建议与注意事项
辩护人应妥善保存申请副本：
- 无论申请是否入卷，辩护人都应妥善保存其提出的申请副本及相关证据材料。这有助于辩护人在后续的审理过程中维护被告人的合法权益，并应对可能出现的争议或质疑。
关注法院对申请的处理情况：
- 辩护人应密切关注法院对其提出的申请的处理情况，包括是否采纳、是否同意以及处理结果等。如果法院未对申请进行及时处理或未给予明确答复，辩护人应及时与法院沟通并要求书面答复。
在必要时寻求法律援助：
- 如果辩护人在处理申请过程中遇到困难或问题，如法院拒绝记录申请、未对申请进行及时处理等，辩护人可以寻求法律援助或向上级法院提出申诉或复议申请。
如果有任何关于刑事案件辩护的具体问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。