合同的有效主体应认定为公司，而非法定代表人个人。针对您提出的问题，我将从以下几个方面进行详细分析：
一、合同效力的认定原则
根据《民法典》的相关规定，法定代表人以法人名义从事的民事活动，其法律后果由法人承受。这意味着，当法定代表人代表公司签订合同时，合同的权利义务应由公司承担，而非法定代表人个人。因此，在判断合同有效主体时，应重点关注合同是否代表了公司的真实意思表示。
二、仅有法定代表人签字的合同效力
一般原则：
- 对于仅有法定代表人签字的合同，不能以未加盖公司公章为由否定合同的效力。只要合同内容是双方真实意思表示，且双方未对合同的生效有特殊约定，同时不存在法定代表人超越权限等例外情形，应认定合同有效。
例外情形：
- 如果法人章程或法人权力机构对法定代表人的代表权进行了限制，并且这种限制是相对人知道或应当知道的，那么法定代表人超越权限订立的合同可能对公司不发生效力。但在实际操作中，这种例外情形较为少见，且需要相对人明知或应知作为前提。
三、合同台头与落款的影响
- 在您描述的情况下，合同台头有法人签字并盖有公司公章，这进一步证明了合同是代表公司签订的。而合同落款仅有法人签字，并不影响合同的效力，因为法定代表人的签字本身就代表了公司的行为。
四、法律建议
确认合同内容：
- 在签订合同时，应仔细审查合同内容，确保合同条款明确、具体，且符合双方的真实意思表示。
保留证据：
- 保留好合同原件及相关证据，如邮件、短信、录音等，以备在发生纠纷时作为证明。
及时咨询：
- 如果在合同履行过程中遇到任何问题或纠纷，应及时咨询专业律师，以便得到及时、有效的法律帮助。
总结来看，合同的有效主体应认定为公司。在仅有法定代表人签字且合同台头有法人签字并盖有公司公章的情况下，合同仍然有效，且双方应根据合同的约定履行自身义务。如果您在合同纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。