医院连续性违规是否可按新协议处理，需视具体情况而定，不能一概而论。以下是从不同角度进行的分析：
一、协议内容与违规行为的关联性
若新协议明确规定了违规行为的处理方式：
- 如果医院与患者或相关方签订的新协议中，明确规定了对于连续性违规行为的处理措施，如罚款、赔偿、终止协议等，那么在发生连续性违规时，可以依据新协议的约定进行处理。
- 法律依据：根据《民法典》的相关规定，合同双方应当按照约定履行自己的义务，违反约定的，应当承担违约责任。因此，如果新协议中有明确约定，医院连续性违规时，对方有权依据协议要求医院承担相应的责任。
若新协议未明确规定违规行为的处理方式：
- 如果新协议中没有明确规定对于连续性违规行为的处理措施，那么需要依据相关法律法规和行业惯例来判断如何处理。
- 处理建议：在这种情况下，建议首先与医院进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。如果协商无果，可以考虑通过法律途径解决，如提起诉讼或申请仲裁。
二、违规行为的性质与严重程度
轻微违规行为：
- 如果医院的连续性违规行为属于轻微性质，如未按时提供医疗报告、未及时回复患者咨询等，且未对患者造成实质性损害，那么可能不需要按照新协议中的严厉措施进行处理。
- 处理建议：在这种情况下，可以通过警告、罚款等轻微措施来督促医院改正违规行为。
严重违规行为：
- 如果医院的连续性违规行为属于严重性质，如误诊、漏诊、使用不合格药品或医疗器械等，且对患者造成了实质性损害，那么需要依据新协议（如果有）和相关法律法规进行严厉处理。
- 法律依据：根据《医疗事故处理条例》等相关规定，医疗机构发生医疗事故的，由卫生行政部门根据医疗事故等级和情节，给予警告；情节严重的，责令限期停业整顿直至由原发证部门吊销执业许可证。
三、法律程序与证据收集
法律程序：
- 在处理医院连续性违规行为时，需要遵循法律程序，如收集证据、提起诉讼或申请仲裁等。
- 注意事项：在收集证据时，需要确保证据的合法性和有效性，如医疗记录、诊断证明、药品或医疗器械的合格证明等。
证据收集：
- 证据是处理违规行为的关键。需要收集能够证明医院违规行为的证据，如患者投诉记录、医疗事故鉴定报告等。
- 处理建议：如果证据不足或存在争议，可以考虑聘请专业机构进行鉴定或评估，以提供更有力的证据支持。
四、特殊情况下的处理
协议变更或解除：
- 如果在处理医院连续性违规行为过程中，新协议被变更或解除，那么需要依据变更或解除后的协议内容来处理。
- 法律依据：根据《民法典》的相关规定，合同双方可以协商一致变更或解除合同。变更或解除合同后，应当按照新的约定履行义务。
不可抗力因素：
- 如果医院的连续性违规行为是由于不可抗力因素导致的，如自然灾害、政府行为等，那么可能不需要承担违约责任。
- 法律依据：根据《民法典》的相关规定，因不可抗力不能履行民事义务的，不承担民事责任。法律另有规定的，依照其规定。
建议您在处理此类问题时，首先仔细审查新协议的内容，了解其中对于违规行为的处理规定。同时，收集相关证据，并依据法律法规和行业惯例来判断如何处理。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。