当医院被查出存在违规问题时，处理的方式通常会依据具体的违规性质、情节严重程度以及相关法律法规和政策规定来进行。以下是一般性的处理流程和建议，供您参考：
一、违规问题的确认与分类
首先，相关部门（如医保局、卫生健康委员会等）会通过飞行检查、专项检查、投诉举报等多种方式，对医院进行全面的审查，确认是否存在违规行为，并对违规问题进行分类，如过度检查、重复收费、超标准收费、串换诊疗项目、分解收费等。
二、依据法律法规进行处理
扣除违规费用：对于涉及医保基金违规使用的，相关部门会依据《医疗保障基金使用监督管理条例》等相关规定，扣除违规问题涉及的医保基金费用，并要求医院将违规基金上缴至医保基金专户。
行政处罚：根据违规行为的严重程度，相关部门可能会对医院进行罚款、暂停医保定点资格、吊销执业许可证等行政处罚。这些处罚措施旨在惩罚违规行为，并警示其他医疗机构。
内部处理：医院内部也会对违规行为进行严肃处理，包括但不限于批评教育、通报批评、取消评优评职资格、罚款、暂停处方权或执业活动、吊销执业证书等。对于情节严重的，还可能涉及解职待聘、解聘等处理。
三、整改与报告
立即整改：医院在接到违规处理通知后，应立即进行整改，规范医疗行为，加强医保基金使用管理，确保类似问题不再发生。
提交整改报告：医院需将整改情况形成书面报告，上报给相关部门，以便监管部门对医院的整改情况进行跟踪和评估。
四、后续监督与预防
加强监督：相关部门会加强对医院的后续监督，确保医院持续遵守相关法律法规和政策规定，规范医疗行为。
完善制度：医院应完善内部管理制度，加强员工培训，提高法律意识和合规意识，从源头上预防违规行为的发生。
五、特殊情况处理
如果违规行为涉嫌犯罪，如诈骗医保基金等，医院或相关责任人将被移送司法机关依法处理，面临刑事责任的追究。
举例说明：
以宁夏银北医院为例，该医院在医保飞行检查中被发现存在过度检查、重复收费等6大类22项定量问题，造成医疗保障基金损失。依据相关法律法规和政策规定，平罗县医疗保障局对该医院做出了扣除违规基金、责令立即整改并上报整改报告的处理决定。
综上所述，医院被查出违规问题后，应积极配合相关部门的调查和处理，认真整改，加强内部管理，以避免类似问题的再次发生。同时，医院也应加强员工培训，提高法律意识和合规意识，确保医疗行为的合法性和规范性。