员工旷工时，用人单位扣除工资是否合法需分情况讨论：

1. 旷工当天不支付工资是合法的

根据《工资支付暂行规定》及相关劳动法规，员工旷工即未按照单位规定提供正常劳动，用人单位有权不支付其旷工当天的工资。这是因为工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，旷工期间员工未提供劳动，自然无权获得该期间的工资。

1. 额外扣除旷工员工工资通常是不合法的

   • 除非造成经济损失：若员工旷工行为给用人单位造成了经济损失，用人单位可以依据《工资支付暂行规定》第十六条，要求员工赔偿经济损失，并从其工资中扣除相应部分。但扣除比例每月不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
   • 不得随意克扣：在未造成经济损失的情况下，用人单位不得随意以旷工为由克扣员工工资。这种行为可能构成“克扣”或“无故拖欠”工资，违反《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定。

2. 用人单位应依法依规操作

   • 明确规章制度：用人单位应在内部规章制度中明确规定旷工的定义、后果及处理方式，包括是否扣工资、扣多少等，并确保这些规定不违反法律法规。
   • 合法合规操作：在扣除旷工工资时，必须确保操作合法合规，如扣除比例不超过当月工资的20%，且扣除后的工资不低于当地最低工资标准。
   • 保留证据：用人单位应妥善保存员工旷工的相关证据，如考勤记录、监控视频、书面警告等，以备不时之需。
   • 及时沟通：在处理旷工问题时，用人单位应及时与员工进行沟通，了解其旷工原因，并尝试通过协商解决问题。

3. 员工权益保障

   • 基本工资不受影响：即使员工旷工，用人单位也应确保其基本工资不受影响（除非旷工导致严重损失或符合特定扣款条件）。
   • 提供申诉渠道：用人单位应为员工提供必要的申诉渠道，保障其合法权益不受侵害。

法律建议：

• 对于用人单位而言，应依法依规制定内部规章制度，明确旷工的处理方式，并在操作时确保合法合规。
• 对于员工而言，应遵守用人单位的规章制度，按时上下班，避免旷工行为的发生。若因特殊原因无法按时到岗，应及时与用人单位沟通并请假。
• 若双方因旷工扣工资问题发生争议，可通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。

可能法律后果：

• 若用人单位随意克扣旷工员工工资，可能面临劳动保障行政部门的责令限期支付工资报酬、加付赔偿金等处罚。
• 若员工因旷工被用人单位违法解除劳动合同，可依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付违法解除劳动合同的赔偿金。