针对您提出的“房屋被拆除已过行政诉讼时效是否可以民事起诉补偿款”的问题，这是一个涉及行政诉讼时效与民事诉讼权利行使的复杂法律问题。以下是我为您提供的详细解答：

一、行政诉讼时效的基本规则

首先，我们需要明确行政诉讼时效的基本规则。根据《行政诉讼法》的相关规定，被拆迁人若对行政机关的征收决定、补偿方案、强拆行为等不服，直接起诉的时效通常为6个月（也有特殊情况为3个月）。若先申请行政复议，则需在复议决定作出后15日内起诉。一旦超过这个期限，法院将直接裁定不予受理或驳回起诉，这意味着您将丧失通过行政诉讼途径获得司法救济的权利。

二、行政诉讼时效超期的法律后果

如果房屋拆迁案件错过了法定的行政诉讼时效，并且没有正当的理由（如不可抗力）导致耽误起诉期限，那么您将面临以下法律后果：

1. 法院不予受理或驳回起诉：法院在受理案件后，经审查发现超过诉讼时效，且对方当事人提出时效抗辩的，法院将驳回起诉。
2. 丧失司法救济权利：错过时效意味着您丧失了通过司法途径获得救济的权利。即便拆迁行为确实存在违法之处，因时效已过，法院通常不再支持您的诉求，您无法通过法院判决获得拆迁补偿的重新调整或违法确认等有利结果。

三、民事起诉补偿款的可能性

现在，我们来探讨您最关心的问题：房屋被拆除已过行政诉讼时效，是否可以民事起诉补偿款？

1. 民事诉讼与行政诉讼的区别：民事诉讼主要解决平等主体之间的财产关系和人身关系纠纷，而行政诉讼则解决行政机关与公民、法人或其他组织之间的行政争议。在房屋拆迁案件中，补偿款的问题通常与行政机关的行政行为紧密相关，因此更倾向于通过行政诉讼解决。
2. 民事起诉的局限性：即使您选择民事起诉补偿款，也可能面临诸多困难。首先，民事诉讼的被告可能是拆迁方或相关责任主体，但您需要证明他们存在民事侵权行为或违约行为，这通常与行政机关的行政行为交织在一起，难以单独剥离。其次，民事诉讼的诉讼时效通常为3年，但超过行政诉讼时效后，民事诉讼的胜诉权也可能受到质疑，因为行政行为的合法性已经无法通过行政诉讼得到确认。
3. 特殊情况下的民事起诉：在某些特殊情况下，如拆迁方与您之间存在明确的民事合同关系（如拆迁补偿协议），且该协议未涉及行政机关的行政行为，那么您可能有机会通过民事诉讼来主张补偿款。但这种情况相对较少见，且需要具体的证据支持。

四、建议与结论

1. 及时咨询专业律师：鉴于房屋拆迁案件的复杂性和法律时效的严格性，我建议您及时咨询专业律师，以准确评估您的案件情况和法律风险。
2. 考虑其他救济途径：如果行政诉讼时效已经超期，且民事起诉存在困难，您可以考虑通过其他途径寻求救济，如与拆迁方协商、申请政府信息公开、提起行政复议（如果适用）等。
3. 结论：房屋被拆除已过行政诉讼时效后，直接通过民事起诉补偿款的可能性较小。因为补偿款的问题通常与行政机关的行政行为紧密相关，且民事诉讼的胜诉权也可能受到行政诉讼时效超期的影响。因此，我建议您在专业律师的指导下，综合考虑各种因素，选择最适合您的救济途径。