第二次被司法冻结的银行卡，其资金是否会被扣除，取决于冻结的原因、法律程序以及相关法律文书的指示，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 冻结原因与法律程序

• 刑事案件中的冻结：如果银行卡因涉及刑事案件（如诈骗、洗钱等）被第二次冻结，且司法机关在侦查过程中发现卡内资金与案件直接相关，那么根据《刑事诉讼法》的相关规定，这些资金可能会被作为证据或赃款赃物进行扣押或没收。但这一过程需要严格的法律程序，包括侦查、审查起诉、审判等阶段，最终由法院作出判决。
• 民事案件中的冻结：在民事案件中，如债务纠纷，债权人申请财产保全或强制执行时，法院可能会冻结债务人的银行卡。如果债务人未履行生效法律文书确定的义务，且银行卡内的资金属于债务人的可执行财产，那么法院有权根据《民事诉讼法》的相关规定，划拨或执行这些资金以清偿债务。但同样，这一过程也需要遵循法律程序，包括申请、审查、执行等步骤。

2. 法律文书的指示

• 冻结裁定或决定：无论是刑事案件还是民事案件，司法机关在冻结银行卡时，都会出具相应的冻结裁定或决定。这些法律文书会明确冻结的期限、范围以及是否允许资金进出等事项。如果法律文书中明确指示可以划拨或执行卡内资金，那么司法机关在符合法律程序的情况下，有权进行相应操作。
• 执行裁定或决定：在强制执行阶段，法院会出具执行裁定或决定，明确执行的对象、方式、期限等事项。如果执行对象包括银行卡内的资金，且符合法律规定的执行条件，那么法院有权划拨或执行这些资金。

3. 特殊情况与例外

• 资金性质：如果银行卡内的资金属于特定性质（如工资、养老金、社会保险金等），且法律对这些资金的执行有特殊规定（如不得执行或限制执行），那么司法机关在执行时需要遵循这些特殊规定。
• 执行异议：如果债务人对冻结或执行行为提出异议，认为卡内资金不属于可执行财产或存在其他合法理由阻止执行，那么可以通过法律途径提出执行异议之诉，由法院进行审查并作出判决。

法律建议

• 了解冻结原因：如果您的银行卡被第二次冻结，首先需要了解冻结的具体原因和法律程序。这有助于您判断资金是否会被扣除以及如何采取应对措施。
• 咨询专业律师：由于司法冻结涉及复杂的法律程序和规定，建议您咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助。律师可以根据您的具体情况，分析冻结的合法性、资金是否会被扣除以及如何维护您的合法权益。
• 配合司法机关：在司法冻结过程中，您需要配合司法机关的工作，如提供相关证据、接受询问等。这有助于加快解冻进程并减少不必要的法律纠纷。